Mauro, envio outro anexo. Testei aqui e rodou legal. Segue a rotina abaixo.
Agora, você ou alguém da lista sabe dizer por que os BLUPs do modelo sem
pedigree (Valor genético = aditivo+ dominância + epistático) foi menor que
os BLUPs dom modelo com o pedigree (Valor genético aditivo)???
> dadped<-read.table("genealogia2.csv", head=T, sep=";", dec=",")
> head(dadped)
Num Id Mon Dad
1 1 GPA518 <NA> <NA>
2 2 GX458 <NA> <NA>
3 3 GH3156 GPA518 <NA>
4 4 GS214 GX458 <NA>
5 5 RA1251 GS214 GH3156
6 6 AB1542 RA1251 GPA518
> require(lme4)
> require(pedigreemm)
> pedCana <- pedigree(sire = as.integer(dadped$Dad),
+ dam = as.integer(dadped$Mon),
+ label= as.character(1:9))
> fac <- relfactor(pedCana)
> MpedCana <- crossprod(fac)
> dat2<-read.table("dados_sem_ascestrais.csv", head=T, sep=";", dec=",",
na.strings="NA")
> head(dat2)
geno id bloco corte local Prod
1 RA1251 5 1 1 1 117.65
2 RA1251 5 2 1 1 125.35
3 RA1251 5 3 1 1 135.02
4 AB1542 6 1 1 1 101.03
5 AB1542 6 2 1 1 108.59
6 AB1542 6 3 1 1 108.45
> attach(dat2)
The following object(s) are masked from 'dat2 (position 3)':
bloco, corte, geno, id, local, Prod
> Bloco1 <- factor(bloco)
> Corte1 <- factor(corte)
> Local1 <- factor(local)
> fm2 <- pedigreemm(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data
= dat2, pedigree = list(id = pedCana))
> BLUP.a <- ranef(fm2)$id; BLUP.a # Valor genético aditivo
(Intercept)
5 0.4146977
6 -1.1289438
7 1.2858838
8 0.1372509
9 0.2615716
> fm3 <-lmer(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2)
> BLUP.g <- ranef(fm3)$id; BLUP.g # Valor genético
(Intercept)
5 0.04624036
6 -0.51780417
7 0.30066464
8 0.06359092
9 0.10730825
> data.frame(BLUP.g, BLUP.a)
X.Intercept. X.Intercept..1
5 0.04624036 0.4146977
6 -0.51780417 -1.1289438
7 0.30066464 1.2858838
8 0.06359092 0.1372509
9 0.10730825 0.2615716
>
--
=================================================
Edjane Gonçalves de Freitas
Engenheira Agrônoma - UFAL
Doutoranda - Lab. Genética e Estatística
Departamento de Genética e Melhoramento de Plantas - ESALQ/USP
Cel: (19) 8102-7790
==================================================
geno;id;bloco;corte;local;Prod
RA1251;5;1;1;1;117,65
RA1251;5;2;1;1;125,35
RA1251;5;3;1;1;135,02
AB1542;6;1;1;1;101,03
AB1542;6;2;1;1;108,59
AB1542;6;3;1;1;108,45
FR125;7;1;1;1;117,53
FR125;7;2;1;1;115,36
FR125;7;3;1;1;112,5
RDC101;8;1;1;1;117,04
RDC101;8;2;1;1;108,89
RDC101;8;3;1;1;107,24
DLA215;9;1;1;1;102,06
DLA215;9;2;1;1;125,98
DLA215;9;3;1;1;130,65
RA1251;5;1;2;1;112,61
RA1251;5;2;2;1;142
RA1251;5;3;2;1;145
AB1542;6;1;2;1;107,03
AB1542;6;2;2;1;107,78
AB1542;6;3;2;1;71,09
FR125;7;1;2;1;104,86
FR125;7;2;2;1;99,14
FR125;7;3;2;1;100,57
RDC101;8;1;2;1;121,31
RDC101;8;2;2;1;106,88
RDC101;8;3;2;1;95,96
DLA215;9;1;2;1;94,43
DLA215;9;2;2;1;101,61
DLA215;9;3;2;1;90,11
RA1251;5;1;1;2;100,03
RA1251;5;2;1;2;99,58
RA1251;5;3;1;2;77,82
AB1542;6;1;1;2;89,84
AB1542;6;2;1;2;80,16
AB1542;6;3;1;2;144,63
FR125;7;1;1;2;90,86
FR125;7;2;1;2;94,69
FR125;7;3;1;2;120,22
RDC101;8;1;1;2;88,66
RDC101;8;2;1;2;114,7
RDC101;8;3;1;2;124,37
DLA215;9;1;1;2;91,97
DLA215;9;2;1;2;97,91
DLA215;9;3;1;2;94,74
RA1251;5;1;2;2;69,95
RA1251;5;2;2;2;92,94
RA1251;5;3;2;2;88,19
AB1542;6;1;2;2;89,1
AB1542;6;2;2;2;91,69
AB1542;6;3;2;2;79,85
FR125;7;1;2;2;97,63
FR125;7;2;2;2;84,56
FR125;7;3;2;2;80,54
RDC101;8;1;2;2;84,57
RDC101;8;2;2;2;88,01
RDC101;8;3;2;2;89,02
DLA215;9;1;2;2;87,14
DLA215;9;2;2;2;108,71
DLA215;9;3;2;2;113,8
RA1251;5;1;1;3;98,62
RA1251;5;2;1;3;104,87
RA1251;5;3;1;3;104,97
AB1542;6;1;1;3;110,21
AB1542;6;2;1;3;110,95
AB1542;6;3;1;3;101,59
FR125;7;1;1;3;145
FR125;7;2;1;3;168
FR125;7;3;1;3;170
RDC101;8;1;1;3;99,61
RDC101;8;2;1;3;108,98
RDC101;8;3;1;3;122,94
DLA215;9;1;1;3;65,99
DLA215;9;2;1;3;148,51
DLA215;9;3;1;3;124,19
RA1251;5;1;2;3;114,4
RA1251;5;2;2;3;108,04
RA1251;5;3;2;3;105,64
AB1542;6;1;2;3;97,68
AB1542;6;2;2;3;71,1
AB1542;6;3;2;3;123,02
FR125;7;1;2;3;82,4
FR125;7;2;2;3;121,09
FR125;7;3;2;3;104,89
RDC101;8;1;2;3;122,61
RDC101;8;2;2;3;123,03
RDC101;8;3;2;3;123,44
DLA215;9;1;2;3;150
DLA215;9;2;2;3;120
DLA215;9;3;2;3;111
Num;Id;Mon;Dad
1;GPA518;NA;NA
2;GX458;NA;NA
3;GH3156;GPA518;NA
4;GS214;GX458;NA
5;RA1251;GS214;GH3156
6;AB1542;RA1251;GPA518
7;FR125;GPA518;GX458
8;RDC101;GX458;GX458
9;DLA215;GPA518;GPA518
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