Bruno, na verdade o método de Ward precisa sim da matriz de distância como
os outros métodos de clsuter; o que muda é a forma como ele cria o
dendograma.

Ele calcula a soma dos quadrados das distâncias entre os objetos, dividida
pelo número de objetos, buscando minimizá-la. Então é necessária uma matriz
de distância como nos outros casos, e o que muda na função hclust é o
argumento method="ward".

Se tiver acesso, veja o excelente *Numerical Ecology with R* (Bocard,
Gillet & Legendre, 2011), que é uma excelente fonte para estudar métodos
multivariados no R (o foco é em Ecologia, mas com certeza pode ser útil em
outros casos).

Abraços

Marcos

-- 
Marcos Vinícius Carneiro Vital
Universidade Federal de Alagoas
Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde
Setor de Biodiversidade e Ecologia
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