Ciao lista,
mi trovo a dover lavorare con dei file .xyz che sono dei file di testo
del genere
|C -3.95384 -0.70179 0.00000 C -3.93661 -2.09651 0.00000 C -2.72014
-2.77895 -0.00000 C -1.52089 -2.06666 0.00000 C -1.53812 -0.67195
0.00000 C -2.75460 0.01049 -0.00000 H -4.90162 -0.17009 -0.00000 H
-4.87097 -2.65146 0.00000 H -2.70671 -3.86559 0.00000 H -0.57311
-2.59836 0.00000 H -0.60377 -0.11700 -0.00000 H -2.76802 1.09714 -0.00000 |
ovvero ogni riga contiene un atomo con informazione sull’elemento
atomico e le coordinate. Io ho creato una semplice namedtuple per
contenere le informazioni sull’atomo
|class Atom(namedtuple('Atom', ['element', 'coords'])): pass atoms =
[Atom('C', numpy.array([-3.95384, -0.70179, 0.00000])), ... ] |
Facendo il parsing del file di testo posso dunque generare una lista che
contiene istanze di Atom. Con una lista posso facilmente iterare su
quello che chiamerò l’indice “globale”. Il problema su cui chiedo
consigli è che contemporaneamente mi serve poter selezionare un atomo in
base ad un indice “locale”, ovvero un indice che appartiene all’elemento
chimico. In questo caso, dovrei poter iterare sul carbonio 6 volte
(indice da 0 a 5) e sull’idrogeno pure.
Per esempio, vorrei poter fare qualcosa tipo |atoms.byElementIndex('H',
0)| per selezionare il primo idrogeno.
Che vi pare se faccio una cosa del genere
|class Atoms(list): def __init__(self): super(Atoms, self).__init__()
self._atoms_by_elem = {} def append(self, atom): super(Atoms,
self).append(atom) if atom.element not in self._atoms_by_elem.keys():
self._atoms_by_elem[atom.element] = []
self._atoms_by_elem[atom.element].append(self.index(atom)) def
byElementIndex(self, element, index): global_index =
self._atoms_by_elem[element][index] return self[global_index] atoms =
Atoms() atoms.append(Atom('C', [0, 0, 0])) atoms.append(Atom('C', [0, 0,
1])) atoms.append(Atom('H', [1, 1, 1])) atoms.append(Atom('C', [0, 1,
1])) atoms.append(Atom('H', [2, 1, 1])) |
| >>> atoms.byElementIndex('H', 0) Atom(element='H', coords=[1, 1, 1]) |
Ovviamente ora come ora il dizionario e la lista non rimangono
sincronizzati se rimuovo elementi da |atoms| ma per ora non mi interessa.
Ogni consiglio è ben accetto.
Ciao,
Davide
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