2014-10-10 19:39 GMT+02:00 francesca senatore <francesca.senat...@hotmail.it >:
> Ciao a tutti, > sono da poco (e per poco intendo veramente poco) nel mondo python. Sono > alle prime armi e non me ne volete se non sono molto preparata. > Al momento ho la necessità di eseguire dei test statistici > (Kolmogorov-Smirnov test, Two Sample Tests, fit ai minimi quadrati) che > erano inclusi in ASURV(analysis survival). Ho visto che python include > questo pacchetto statistico. > Il mio problema non sono tanto le routine in se per se (che mi sembrano > facili) ma l'inserimento dati. > In generale dopo aver trovato le librerie che sembrano fare al caso tuo, devi controllare la documentazione per vedere quali parametri accettano le varie funzioni, e cosa rappresentano. > I miei dati includono i famosi censored data (upper e lower limits) ed > errori sulle misure. Io vorrei includere anche questi valori quando faccio > correre questi test. > Per essere più chiara mi scrivo un esempio (con dati a caso): > > > > from scipy import stats > > > [...] > slope, intercept, r_value, p_value, std_err = stats.linregress(x,y) > > Questa routine mi calcola il fit dandomi tutti i parametri che mi > servono. Nei miei set di dati ci sono upper limit, cioè non detection (i > famosi censored data), che voglio tenere in considerazione nel fit. In > aggiunta ho un altro set di dati che riguardano gli errori sulle y. Io > voglio includere anche questi parametri ma non so come fare. > > Come puoi vedere qui: http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.stats.linregress.html#scipy.stats.linregress la funzione linregress accetta solo due parametri. Quindi devi usare un altra funzione o un altra libreria. > Io usavo ASURV per fare cose di questo genere tenendo in considerazione > gli upper oppure i lower limits e in questo caso indicavo le detection (i > valori effettivamente calcolati) con 0 e con 1 le nondetection (upper > limit). Cioè generavo un file con tre colonne dove la prima colonna > indicava il tipo di valore. > > Con python ho visto che questo è possibile perchè include molti metodi > statistici di ASURV ma non riesco a capire come inserire questi valori. > > Quale funzione usavi in particolare? Se è inclusa in scipy è possibile che abbia un nome simile. > [...] Ciao Manlio
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