On Apr 10, 10:07 am, Chris <[EMAIL PROTECTED]> wrote:
> On Apr 9, 11:02 pm, drjekil <[EMAIL PROTECTED]> wrote:
>
>
>
> > I have done something so far about that problem,but its not the good way to
> > do it
>
> > need ur comments about that....
>
> > from string import *;
> > import sys
>
> > myfile = open("/afs/pdc.kth.se/home/d/debnath/membrane/1a91A.txt")
> > a = myfile.readlines()
> > data = myfile.readlines()
> > for line in myfile.readlines():
> > fields = line.split('\t')
>
> > items=fields.strip()
> > list1.append(items[1])
>
> > for i in aminoacid:
> > if 10.0 <= z <= 22.0:
> > matches.append([1,i])
> > #here i am getting comment! bash-3.1$ python bb.py
> > File "bb.py", line 16
> > matches.append([1,i])
> > ^
> > IndentationError: expected an indented block
>
> > else:
> > matches.append([-1,i])
>
> You are getting the indentation error because you need to tab the
> lines in after your 'if' and 'else' statements. After that is fixed
> you should get an Attribute Error on the 'items=fields.strip()' as a
> list doesn't have access to strip.
>
> import string
> myfile = open("/afs/pdc.kth.se/home/d/debnath/membrane/1a91A.txt",
> 'rb')
>
> AMINO_ACIDS = ['A','B','C',......'X','Y','Z']
>
> for line in myfile: # Files are iterable themselves.
>
> try:
> fields = map(string.strip, line.split('\t')) # This will
> strip every column for you
> name, aa, topo, access, tssp, stride, z = fields
> except IndexError: # In case you don't have enough elements
> print 'Not enough elements on the line, moving along'
>
> if 10 <= z <= 22: # You only wanted between those Z-Coords ?
> if aa in AMINO_ACIDS:
> # Now actually process the data you want
>
>
>
> > print "#T/F A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W X Y
> > Z"
>
> > for a in range(0,len(matches),1):
>
> > if matches[a][0]==1:
>
> > if matches[a][1]=='A':
> > print "1 1:1 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0 13:0
> > 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > elif matches[a][1]=='C':
> > print "1 1:0 2:1 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0 13:0
> > 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > elif matches[a][1]=='D':
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:1 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > """ if matches[a][1]=='E' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:1 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='F' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:1 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='G' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:1 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='H' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:1 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='I' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:1 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='K' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:1 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='L' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:1 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='M' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:1 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='N' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:1
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='P' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:1 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='Q' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:1 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='R' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:1 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='S' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:1 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='T' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:1 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='V' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:1 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='X' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:1 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='Y' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:1 21:0"
> > if matches[a][1]=='Z' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:1"
>
> > """
> > else:
> > if matches[a][1]=='A':
> > print "-1 1:1 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0 13:0
> > 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > elif matches[a][1]=='C':
> > print "-1 1:0 2:1 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > elif matches[a][1]=='D':
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:1 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > """ if matches[a][1]=='E' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:1 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='F' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:1 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='G' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:1 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='H' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:1 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='I' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:1 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='K' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:1 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='L' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:1 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='M' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:1 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='N' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:1
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='P' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:1 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='Q' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:1 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='R' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:1 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='S' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:1 17:0 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='T' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:1 18:0 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='V' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:1 19:0 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='X' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:1 20:0 21:0"
> > if matches[a][1]=='Y' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:1 21:0"
> > if matches[a][1]=='Z' and matches[a][0]==1:
>
> > print " 1 1:0 2:0 3:0 4:0 5:0 6:0 7:0 8:0 9:0 10:0 11:0 12:0
> > 13:0 14:0 15:0 16:0 17:0 18:0 19:0 20:0 21:1"
> > waiting for ur opinion.
> > thanks
>
> > --
> > View this message in
> > context:http://www.nabble.com/new--user-needs-help%21-tp16571823p16596608.html
> > Sent from the Python - python-list mailing list archive at Nabble.com.
>
> Masses of print statements might work for debugging but you can get a
> better structure through something else. If you have a specific
> message for those you could always build a dictionary containing the
> messages and access them like....
>
> msg_dict = {'A':'Message for A', 'B':'Message for...
>
> read more »
whoops, forgot the continue statement after the index error
for line in myfile: # Files are iterable themselves.
try:
fields = map(string.strip, line.split('\t')) # This will
strip every column for you
name, aa, topo, access, tssp, stride, z = fields
except IndexError: # In case you don't have enough elements
print 'Not enough elements on the line, moving along'
continue # This will take your code to the top of the loop
and start the next iteration instead of continuing through the code
--
http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-list
