Olá,



> - Fazer as transformações de EPSG 20790 para 3763 e vice versa não está a
> funcionar, pois não aparece o diálogo que permite escolher a grelha.

Este problema já foi detectado há algum tempo e reportado aqui: 
http://hub.qgis.org/issues/9614 


> - Fazer as transformações de EPSG 20790 para 27493 e vice versa também  não
> está a funcionar, pois não aparece o diálogo que permite escolher os
> parâmetros os 3 ou 7 towgs84...

Os parâmetros de transformação disponíveis são entre D73 / DLx e 
PT-TM06-ETRS89, por isso é normal que não apareça a caixa de diálogo nessa 
situação.


Abraço,
Pedro Venâncio

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