对，ms不是perl的数据结构， perl的带 -> 的，清楚些 2011/12/9 Shou Ya <[email protected]>
> �w下是C/Java程序�T? �K不是很有Perl程序�T�Ｓ械哪欠N�L格啊. > > 在 2011年11月28日 上午9:53，mandova <[email protected]> 写道： > > z这样呀~ > > > > #!usr/bin/perl -w > > use 5.010; > > > > > > $a[0][1]=0.1; $a[0][2]=0.2; $a[0][3]=0.6; $a[0][4]=0.1; # 4 > > starting probs > > $a[1][0]=0.1; $a[2][0]=0.2; $a[3][0]=0.6; $a[4][0]=0.1; # 4 ending > > probs > > $a[1][1]=0.1; $a[1][2]=0.7; $a[1][3]=0.1; $a[1][4]=0.1; > > $a[2][1]=0.1; $a[2][2]=0.75; $a[2][3]=0.1; $a[2][4]=0.05; > > $a[3][1]=0.3; $a[3][2]=0.2; $a[3][3]=0.4; $a[3][4]=0.1; > > $a[4][1]=0.2; $a[4][2]=0.2; $a[4][3]=0.4; $a[4][4]=0.2; > > > > @lamda=(0,1,8,4,30); > > > > sub Poi # $_[0] is lambda, $_[1] is x. > > { > > $aa=exp(-$_[0])*$_[0]**$_[1]; > > if($_[1]>1) > > { > > foreach $frac(1..$_[1]) { $aa=$aa/$frac; } > > } > > $aa; > > } > > > > if(!open OUT, ">", "nor_debug") { die "can't open processing middle > > file for nor!"; } > > > > $delta=1; > > $itr=1; > > while(($delta>0.00001)&&($itr<100000)) > > { > > say OUT "begin itr: $itr"; > > foreach $ch(1..22) > > { > > if(!open IN, "<", "nor$ch.fs") { die "can't open full sites for > > chromosome $ch!"; } > > > > > > @x=(0); > > $L=0; > > while(<IN>) > > { > > chomp; > > if(/\d+\t(\d+)/) { push(@x,$1); $L++;} > > } > > close IN; > > @s=(); > > @f=(); > > $f[0][0]=1; $f[1][0]=0; $f[2][0]=0; $f[3][0]=0; $f[4][0]=0; > > $s[0]=1; > > foreach $m(1..4) > > { > > $f[$m][1] += &Poi($lamda[$m],$x[1]) * $a[0][$m]; > > $s[1] += $f[$m][1]; > > } > > foreach $m(1..4) > > { > > $f[$m][1]/=$s[1]; > > } > > > > foreach $i(2..$L) > > { > > $im=$i-1; > > foreach $k(1..4) > > { > > foreach $q(1..4) > > { > > $f[$k][$i] += $f[$q][$im] * $a[$q][$k]; > > } > > $f[$k][$i] *= &Poi($lamda[$k],$x[$i]); > > $s[$i] += $f[$k][$i]; > > } > > foreach $k(1..4) > > { > > $f[$k][$i]/=$s[$i]; > > } > > } > > > > foreach $k(1..4) # calcu P(X)! > > { > > $px+=$f[$k][$L]*$a[$k][0]; > > } > > say OUT "finished XX for chromosome $ch!"; > > ...... > > > > 呐，就两个say之间，砍到while后面没有，while里面什么也不做的时候就可以say OUT了。。。 > > ps那个f[$k]是一个有150w个以上的分量的数组，我算到100万多一点的时候就变成-NaN了。。。。。。这又是另一个问题了。。。。。 > > > > On 11月27日, 下午9时31分, cnhack TNT <[email protected]> wrote: > >> 额。。。麻烦多贴些相关代码成么? 不然要大家瞎子摸黑怎么个帮法儿？ > >> 你都说了，砍掉一些语句就有输出了，那不就是你砍掉的语句有问题么，贴上来分析分析不就清楚了？ > >> > >> 2011/11/27 mandova <[email protected]> > >> > >> > >> > >> > if(!open OUT,">","<文件名>" ) { die "..."; } > >> > 一直都是这样写的页没有出问题。。。程序一开始运行就应该有一个输出的，但是say > OUT没有，如果只是say就有在屏幕上。我把两个应该有输出的地 > >> > 方之间的语句砍到一定程度就可以say OUT了。。。 > >> > >> > On 11月27日, 下午8时31分, 昨夜星尘 <[email protected]> wrote: > >> > > 你的OUT是怎么定义的？定义错误也会出现这种情况。写文件用不了多少内存。 > >> > >> > > On 11月27日, 下午4时28分, mandova <[email protected]> wrote: > >> > >> > > > > 我一直是这样写的，没有用过STDOUT，不知为什么这个程序就不行了。我试着把两个输出之间的语句减少看是否能够输出，答案是可以的（但是是没有任何 > >> > > > 道理啊。。） > >> > > > 中间语句多到一定程度就不能写到文件里（文件始终为空），而我把OUT去掉就一直会持续地在屏幕上有输出。 > >> > > > 我现在觉得是内存的问题。。。因为中间处理的数据很大。不了解写文件的动作要占用多少内存，似乎是压死骆驼的那最后一根稻草。。 > >> > >> > > > On 11月27日, 下午3时26分, Robin Lee <[email protected]> wrote: > >> > >> > > > > 应该改成 STDOUT ？ > >> > >> > > > > 2011/11/27 mandova <[email protected]> > >> > >> > > > > > 改成print也不行，文件打开没有报错，就是死活写不进文件啊~~~把OUT去掉就可以写在屏幕上。。。。- 隐藏被引用文字 - > >> > >> > > > > - 显示引用的文字 -- 隐藏被引用文字 - > >> > >> > > - 显示引用的文字 - > >> > >> > -- > >> > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > >> > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 > >> > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 > >> > 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。- > 隐藏被引用文字 - > >> > >> - 显示引用的文字 - > > > > -- > > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 > > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 > > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > > > > > -- > Ya Shou > [email protected] > http://54c3.tk > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > -- Yours Sincerely Zeng Hong -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
