另外如果像agentzh下午给出的c＋＋版本那样，不需要计数 只需要知道有无的话，就不用那么多内存了，再多加一点位计算，也用一个128M的位缓冲区表示即可，那么内存就不是大问题了 ---------------------------------- [email protected] [email protected]
2009/9/23 空格 <[email protected]> > 我大概明白你的意思了。这样实际是用一个15位的十进制数字来代替一个15个字母的字符串。确实这样至少要4G内存。 > > > On 9月23日, 下午5时40分, msmouse <[email protected]> wrote: > > # 用一个1G项的数据计数 > > my @count_of; > > # 字符和数字的转换表 > > my %code_of = ( > > A=>0, > > G=>1, > > C=>2, > > T=>3 > > ); > > > > # 计算一个15字符的字串对应的下标，每个字符占用两个二进制位 > > my $index = 0; > > for $char (split q[], $str) { # 按字符分开 > > $index *= 4; # 左移两位 > > $index += $key{$char}; # 将当前位加入末两位 > > > > } > > > > # 计数： > > $count_of[$index] += 1; > > > > 打印出来需要通过一个循环取末两位、右移两位的方法取得下标对应的实际字符串 > > > > 不知道这样说清楚没有 ：） > > 但是如昨天的讨论所说 这个数组本身就至少占4G内存（假定每项是一个4字节的int），因此在perl中完全在内存中进行是不大可行的。 > > > > ---------------------------------- > > [email protected] > > [email protected] > > > > 2009/9/23 空格 <[email protected]> > > > > > 我昏了，之前我把00,01,10,11理解成十进制的数字了。 > > > 就是说， > > > 当取到一个字串赋给$key之后， > > > $key=~s{A}{0}g; > > > $key=~s{G}{1}g; > > > $key=~s{T}{2}g; > > > $key=~s{C}{3}g; > > > 再用 exists(%hash{$key}); 检查是否有特定键值。是这样的吧？ > > > > > On 9月23日, 上午11时17分, msmouse <[email protected]> wrote: > > > > 就是这个意思。前面agentzh说： > > > > ”事先约定 A,T,G,C 分别对应 00, 01, 10, 11，即 2 个比特的数值。“ > > > > 即用两个位表示一个字符，15个字符即是30位。30个二进制位即是15个4进制位 > > > > ---------------------------------- > > > > [email protected] > > > > [email protected] > > > --~--~---------~--~----~------------~-------~--~----~ 您收到此信息是由于您订阅了 Google 论坛“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要在此论坛发帖，请发电子邮件到 [email protected] 要退订此论坛，请发邮件至 [email protected] 更多选项，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问该论坛 -~----------~----~----~----~------~----~------~--~---
