bioperl好像没有这样的用法……
这种hash直接处理当然是最简单的，不过我觉得可能需要考虑一下内存的问题。
我遇到过处理比较大的序列时，一不小心就out of memory了。:(
不知道哪位有比较节约内存的方法？
jester，[email protected]
2009-09-22
----- Original Message -----
From: Qiang (James) Li
To: perlchina
Sent: 2009-09-22, 00:03:19
Subject: [PerlChina] Re: 在我遇到的这种情况下散列和数组哪个快？
>2009/9/21 空格 :
>> 有一个长度为4.8G的字符串，其中只有四种字母ATGC。按照排列组合数，这四个字母组成的长度为15字符串总共有1｀073｀741｀824种可能
>> 性。我想统计一下，这个大字符串中是否包含了所有的长度为15的可能的字串。如果没有包含全部，那么有哪些字串的出现次数为零。
>> 为此，我想需要建立一个很大的表，然后从那个超大的字符串中逐个取出长度为15的字串，然后在表中统计其出现次数。这样可以得到结果。
>
>不知道 bioperl 里是否有现成的工具，偶不是搞生物的。
>
>不过你匹配的时候把满足要求的用 $hash{...}++ 直接统计就可以了，不用把不符合要求的也放到 hash 里。
>
>> 我的问题是，这样大的表格，用散列写好还是用二维数组写比较好？或者有什么别的方式实现更可行一些。
>
>hash 即可。
>
>Qiang
>
>>
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