Escoje "px" porque así defines un valor exacto de cómo quieres tenerlo. Con "em" ya no "controlas" tanto el aspecto en cada detalle sino que juega con cómo lo tenga configurado el usuario.
Esa es una opinión. Otra opinión es que es bastante más importante la opinión del usuario sobre que tamaño de fuente le conviene que cualquier otra, por no mencionar los problemas de accesibilidad de las medidas absolutas. Así que mi consejo es que no utilizes pixels o cualquier medida absoluta (yo he visto alguna página que utilizaba puntos :D), sino siempre medidas relativas. Aqui van un par de enlaces bastante majos sobre los distintos métodos (2) y cómo usar ems (3)
(1) http://diveintoaccessibility.org/day_26_using_relative_font_sizes.html (2) http://www.maxdesign.com.au/presentation/relative/ (3) http://www.clagnut.com/blog/348/
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