Menteri Keuangan Sri Mulyani Indrawati belum bisa berkomentar banyak perihal rencana pembangunan Jembatan Selat Sunda. Menurut dia, untuk mewujudkan pembangunan jembatan terpanjang di dunia itu, pendanaan dari pemerintah memang terbatas, tapi pembiayaanya akan dilihat dulu. "Nanti dulu, karena menyangkut sumber pendanaan. Saya belum melihat dari pemerintah daerah dan hasil pra studi kelayakannya, kan hubungannya banyak sekali," kata dia di DPR, Jumat 14 Agustus 2009. Deputi Menko Perekonomian Bidang Infrastruktur dan Pengembangan Wilayah Bambang Susantono mengatakan waktu yang dibutuhkan pemerintah pusat untuk mengkaji hasil pra studi kelayakan yang masuk sekitar satu atau dua tahun. Rentang waktu ini dibutuhkan agar keputusan yang diambil benar-benar yang terbaik. Selain dari segi desain yang harus dipertimbangkan, ada banyak hal yang perlu diformulasikan misal dasar hukumnya. Semua dilakukan untuk memberikan dukungan penuh terhadap pembangunan jembatan. Sumber pendanaan sendiri sampai saat ini masih belum diputuskan. Tapi kata Bambang, ada dua alternatif yang biasanya dilakukan pemerintah, yakni pendanaan langsung atau tidak langsung.
"Langsung itu kalau tunai misal seperti saat kita membangun tol Solo-Kertosono, kita sempat memberikan tunai," katanya. Sedang pembiayaan tidak langsung misal melalui penjaminan. Dari pemerintah kalau memang nanti akan mengucurkan, katanya, sumbernya bisa lewat Departemen terkait, PT Sarana Muti Infrastruktur (PT SMI), guarantee fund atau berbagai hal lain. "Pokoknya kita tahap pertama cari pilihan terbaik. Semua kami pertimbangkan dari faktor alam, studi kelayakan, detail desain, baru kemudian melangkah ke konstruksi," katanya.