Bueno ya encontré el problema, en realidad era una tontería.

El comando ps devuelve los pid sin numero delante solo si coincide que en la lista de procesos wget es uno de los últimos, pero en caso contrario hay espacios delante, de modo que utilicé sed como una alternativa más segura para obtener el pid. En fin, que el script quedó así:

#!/bin/sh

WGET_PROCNUM=$(ps ax | grep -v grep | grep 'wget --limit-rate=' | sed -r 's/^\s*([0-9]+)\s+.*/\1/')

if [ ! -z $WGET_PROCNUM ]; then
  kill -s SIGTERM $WGET_PROCNUM
fi

unset $WGET_PROCNUM


(Noten que el espacio anterior al pid se busca cero o más veces y el posterior 1 o más veces)

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