Edita /etc/pacman.conf y la línea que habla de wget la descomentas.
Luego en /etc/wgetrc configuras el proxy, por ejemplo el mío es:
http_proxy = http://192.168.1.3:3128/
Listo, así pacman usará a wget para descargar paquetes y todo, y wget lo
descargará usando el proxy que indicaste.
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