Dear gmx-user, when i run Equilibration Phase (nvt.mdp) i got the .gro files as follows that is co-ordinates not defined in my .gro file What should i change in my mdp file in order to remove 'nan' and to obtain coordinate? HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN) 80 1HEM FE 1 nan nan nan nan nan nan 1HEM NA 2 nan nan nan nan nan nan 1HEM NB 3 nan nan nan nan nan nan 1HEM NC 4 nan nan nan nan nan nan 1HEM ND 5 nan nan nan nan nan nan 1HEM CHA 6 nan nan nan nan nan nan 1HEM HHA 7 nan nan nan nan nan nan 1HEM C1A 8 nan nan nan nan nan nan 1HEM C2A 9 nan nan nan nan nan nan 1HEM C3A 10 nan nan nan nan nan nan 1HEM C4A 11 nan nan nan nan nan nan 1HEM CMA 12 nan nan nan nan nan nan 1HEM CAA 13 nan nan nan nan nan nan 1HEM CBA 14 nan nan nan nan nan nan 1HEM CGA 15 nan nan nan nan nan nan 1HEM O1A 16 nan nan nan nan nan nan 1HEM O2A 17 nan nan nan nan nan nan 1HEM CHB 18 nan nan nan nan nan nan 1HEM HHB 19 nan nan nan nan nan nan 1HEM C1B 20 nan nan nan nan nan nan 1HEM C2B 21 nan nan nan nan nan nan 1HEM C3B 22 nan nan nan nan nan nan 1HEM C4B 23 nan nan nan nan nan nan 1HEM CMB 24 nan nan nan nan nan nan 1HEM CAB 25 nan nan nan nan nan nan 1HEM CBB 26 nan nan nan nan nan nan 1HEM CHC 27 nan nan nan nan nan nan 1HEM HHC 28 nan nan nan nan nan nan 1HEM C1C 29 nan nan nan nan nan nan 1HEM C2C 30 nan nan nan nan nan nan 1HEM C3C 31 nan nan nan nan nan nan 1HEM C4C 32 nan nan nan nan nan nan 1HEM CMC 33 nan nan nan nan nan nan 1HEM CAC 34 nan nan nan nan nan nan 1HEM CBC 35 nan nan nan nan nan nan 1HEM CHD 36 nan nan nan nan nan nan 1HEM HHD 37 nan nan nan nan nan nan 1HEM C1D 38 nan nan nan nan nan nan 1HEM C2D 39 nan nan nan nan nan nan 1HEM C3D 40 nan nan nan nan nan nan 1HEM C4D 41 nan nan nan nan nan nan 1HEM CMD 42 nan nan nan nan nan nan 1HEM CAD 43 nan nan nan nan nan nan 1HEM CBD 44 nan nan nan nan nan nan 1HEM CGD 45 nan nan nan nan nan nan 1HEM O1D 46 nan nan nan nan nan nan 1HEM O2D 47 nan nan nan nan nan nan 2OXY O1 48 nan nan nan nan nan nan 2OXY O2 49 nan nan nan nan nan nan 3SOL OW 50 nan nan nan nan nan nan 3SOL HW1 51 nan nan nan nan nan nan 3SOL HW2 52 nan nan nan nan nan nan 4SOL OW 53 nan nan nan nan nan nan 4SOL HW1 54 nan nan nan nan nan nan 4SOL HW2 55 nan nan nan nan nan nan 5SOL OW 56 nan nan nan nan nan nan 5SOL HW1 57 nan nan nan nan nan nan 5SOL HW2 58 nan nan nan nan nan nan 6SOL OW 59 nan nan nan nan nan nan 6SOL HW1 60 nan nan nan nan nan nan 6SOL HW2 61 nan nan nan nan nan nan 7SOL OW 62 nan nan nan nan nan nan 7SOL HW1 63 nan nan nan nan nan nan 7SOL HW2 64 nan nan nan nan nan nan 8SOL OW 65 nan nan nan nan nan nan 8SOL HW1 66 nan nan nan nan nan nan 8SOL HW2 67 nan nan nan nan nan nan 9SOL OW 68 nan nan nan nan nan nan 9SOL HW1 69 nan nan nan nan nan nan 9SOL HW2 70 nan nan nan nan nan nan 10SOL OW 71 nan nan nan nan nan nan 10SOL HW1 72 nan nan nan nan nan nan 10SOL HW2 73 nan nan nan nan nan nan 11SOL OW 74 nan nan nan nan nan nan 11SOL HW1 75 nan nan nan nan nan nan 11SOL HW2 76 nan nan nan nan nan nan 12SOL OW 77 nan nan nan nan nan nan 12SOL HW1 78 nan nan nan nan nan nan 12SOL HW2 79 nan nan nan nan nan nan 13AL AL 80 nan nan nan nan nan nan 6.56000 4.36200 12.00000 i am expecting your reasonable reply
-- gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting! Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-requ...@gromacs.org. Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists
