[gmx-users] the broken of the molecules

kecy_wu Mon, 06 Sep 2010 01:43:25 -0700

&nbsp;Hello, I do the energy minimization of the butylene box , but some 
butylene molecules are broken after that. The butylene&nbsp;itp file is 
produced by PRODRG, as follows:
&nbsp;
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3
[ atoms ]
;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; 
atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0049&nbsp;&nbsp; 
15.0350&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.02442&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07957&nbsp; 
13.0190&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.06005&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; 
[ bonds ]
; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...
&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 
7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C6&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp; 
7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp;&nbsp; 
7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C3&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; 
[ pairs ]
; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...
&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; 
[ angles ]
; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...
&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
112.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 520.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
112.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 520.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C9&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; 
&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
125.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
125.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; 
[ dihedrals ]
; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, m, ...
&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0 
6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0 6 ; 
dih&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2 
&nbsp;
Can&nbsp; you show me why the butylene molecules would&nbsp; be broken?
Thank you very much !
&nbsp;

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