[gmx-users] TIP3P water box

kecy_wu Fri, 16 Apr 2010 01:51:51 -0700

&nbsp;Hello,I&nbsp;want to &nbsp;use spc216.gro and apply the tip3p.itp 
parameters, but it would make a mistake for the pre-processor "grompp" ,it said 
can't find HW atomtypes, the force file which I used is "ffG43a1.itp". my 
tip3p.itp file&nbsp;is as follows:&nbsp;
&nbsp;[ moleculetype ]
; molname&nbsp;nrexcl
SOL&nbsp;&nbsp;2
[ atoms ]
; id&nbsp;at type&nbsp;res nr &nbsp;residu name&nbsp;at name&nbsp;&nbsp;cg 
nr&nbsp;charge
#ifdef _FF_OPLS
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_111&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.834
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_112&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_112&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417
#endif
#ifdef _FF_CHARMM
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.834
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417
#endif
#ifdef _FF_GROMACS 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OWT3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.834
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417
#endif
#ifdef _FF_GROMOS96
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OWT3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.834
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.417
#endif
#ifdef FLEXIBLE
[ bonds ]
; i&nbsp;j&nbsp;funct&nbsp;length&nbsp;force.c.
1&nbsp;2&nbsp;1&nbsp;0.09572&nbsp;502416.0 0.09572&nbsp;502416.0 
1&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;0.09572&nbsp;502416.0 0.09572&nbsp;502416.0 
&nbsp;
[ angles ]
; i&nbsp;j&nbsp;k&nbsp;funct&nbsp;angle&nbsp;force.c.
2&nbsp;1&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;104.52&nbsp;628.02&nbsp;104.52&nbsp;628.02&nbsp;
#else
[ settles ]
; i&nbsp;j&nbsp;funct&nbsp;length
1&nbsp;1&nbsp;0.09572&nbsp;0.15139
[ exclusions ]
1&nbsp;2&nbsp;3
2&nbsp;1&nbsp;3
3&nbsp;1&nbsp;2
#endif
the version of the gromacs is 4.0.5.
&nbsp;
Thank you for all your help !
&nbsp;

-- 
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to gmx-users-requ...@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php

[gmx-users] TIP3P water box

Reply via email to