I have suffering from a problem with dmpc bilayer simulation at 300K with oplsaa-berger combination that is showing area of 50nm2 after 1.5 ns from g_energy and g_traj. I have used half-epsilon double pairlist method. the itp and mdp files are attached with. However editconf again showing the correct box vectors after 1.5 ns, that was 6.176 6.167 9.008
the md.mdp file is
title               =  bilayer MD DMPC PURE
cpp                 =  /usr/bin/cpp
define              =  -DMPCPOSRES
constraints         =  all-bonds
constraint_algorithm=  lincs 
lincs_order         =  4
lincs_warnangle     =  30
integrator          =  md
dt                  =  0.002    ; ps !
nsteps              =  1000000     ; total 100 ps.
nstcomm             =  1
comm-mode           =  linear
nstxout             =  500
nstvout             =  500
nstfout             =  500
nstenergy           =  100
nstlist             =  5
ns_type             =  grid
rlist               =  0.9
rcoulomb            =  1.0
vdwtype             =  Cut-off
rvdw                =  2.0
fourierspacing      =  0.12
fourier_nx          =  0
fourier_ny          =  0
fourier_nz          =  0
coulombtype         =  PME
pme_order           =  4
ewald_rtol          =  1e-5
optimize_fft        =  yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl              =  berendsen
tau_t               =  0.1           0.1
tc-grps             =  DMPC          sol
ref_t               =  300           300
; Pressure coupling is not on
Pcoupl              =  berendsen
tau_p               =  1.0           1.0
compressibility     =  4.5e-5        4.5e-5
ref_p               =  1.0           1.0
pcoupltype          =  semiisotropic
; Generate velocites is on at 300 K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  300.0
gen_seed            =  173529
the changed ffoplsaachangemd.itp file portion is as
[ atomtypes ]
; full atom descriptions are available in ffoplsaa.atp
; name  bond_type    mass    charge   ptype          sigma      epsilon
   LO                  15.9994      0.000       A    0.296      0.87721   ;carbonyl O, OPLS
  LOM                  15.9994      0.000       A    0.296      0.87721   ;carboxyl O, OPLS
  LNL                  14.0067      0.000       A    0.325      0.7107   ;Nitrogen, OPLS
   LC                  12.0110      0.000       A    0.37499    0.43967   ;Carbonyl C, OPLS
  LH1                  13.0190      0.000       A    0.38002    0.33451   ;CH1, OPLS
  LH2                  14.0270      0.000       A    0.3905     0.49353    ;CH2, OPLS
   LP                  30.9738      0.000       A    0.37400    0.83653   ;phosphor, OPLS
  LOS                  15.9994      0.000       A    0.29285    1.0158    ;ester oxygen, OPLS
  LP2                  14.0270      0.000       A    0.29999    0.87809   ;RB CH2, Bergers LJ
  LP3                  15.0350      0.000       A    0.396      0.568937  ;RB CH3, Bergers LJ
  LC3                  15.0350      0.000       A    0.39601    0.67601   ;CH3, OPLS
  LC2                  14.0270      0.000       A    0.3798     0.49419   ;CH2, OPLS
with pair section
[ pairtypes ]
  ; i    j    func   sigma       epsilon
   LO    LO     1 0.29604      0.05482
   LO   LOM     1 0.29604      0.05482   
   LO  opls_113 1 0.30632      0.04733   
   LO   LNL     1 0.31018      0.04938   
   LO    LC     1 0.33319      0.0388   
   LO   LH1     1 0.33542      0.03383   
   LO   LH2     1 0.34001      0.04111   
   LO    LP     1 0.33275      0.05353   
   LO   LOS     1 0.29799      0.0549    
   LO   LP2     1 0.34237      0.03614   
   LO   LP3     1 0.34239      0.04414   
   LO   LC3     1 0.34238      0.04559   
   LO   LC2     1 0.33539      0.04115   
  LOM   LOM     1 0.29604      0.05482   
  LOM  opls_113 1 0.30632      0.04733   
  LOM   LNL     1 0.31018      0.04938   
  LOM    LC     1 0.33319      0.0388   
  LOM   LH1     1 0.33542      0.03383   
  LOM   LH2     1 0.34001      0.04111   
  LOM    LP     1 0.33275      0.05353   
  LOM   LOS     1 0.29799      0.0549    
  LOM   LP2     1 0.34237      0.03614   
  LOM   LP3     1 0.34239      0.04414   
  LOM   LC3     1 0.34238      0.04559   
  LOM   LC2     1 0.33539      0.04115   
opls_113 LNL     1 0.32095      0.04262   
opls_113 LC     1 0.34478      0.03347   
opls_113 LH1     1 0.34708      0.02921   
opls_113 LH2     1 0.35181      0.0355    
opls_113 LP     1 0.3443       0.04621   
opls_113 LOS     1 0.30836      0.04737   
opls_113 LP2     1 0.35427      0.0312    
opls_113 LP3     1 0.35427      0.03812   
opls_113 LC3     1 0.35428      0.03936   
opls_113 LC2     1 0.34705      0.03551   
  LNL    LNL     1 0.325        0.04446   
  LNL    LC     1 0.34912      0.03492   
  LNL   LH1     1 0.35145      0.03047   
  LNL   LH2     1 0.35625      0.03703  
  LNL    LP     1 0.34864      0.04822    
  LNL   LOS     1 0.31224      0.04944   
  LNL   LP2     1 0.35875      0.03254   
  LNL   LP3     1 0.35877      0.03975   
  LNL   LC3     1 0.35875      0.04106   
  LNL   LC2     1 0.35139      0.03707   
   LC    LC     1 0.37504      0.2743    
   LC   LH1     1 0.37751      0.02395   
   LC   LH2     1 0.3827       0.02908   
   LC    LP     1 0.37452      0.03787   
   LC   LOS     1 0.33542      0.03882   
   LC   LP2     1 0.38535      0.25565   
   LC   LP3     1 0.38539      0.03122   
   LC   LC3     1 0.38537      0.03225   
   LC   LC2     1 0.37751      0.02909   
  LH1   LH1     1 0.38004      0.02089   
  LH1   LH2     1 0.38525      0.02538    
  LH1    LP     1 0.37701      0.03305   
  LH1   LOS     1 0.33765      0.03388   
  LH1   LP2     1 0.38793      0.0223   
  LH1   LP3     1 0.38793      0.02724    
  LH1   LC3     1 0.38794      0.02814   
  LH1   LC2     1 0.38003      0.02539   
  LH2   LH2     1 0.39054      0.03082   
  LH2    LP     1 0.38218      0.04016   
  LH2   LOS     1 0.34227      0.04115   
  LH2   LP2     1 0.39324      0.0271    
  LH2   LP3     1 0.39328      0.03309   
  LH2   LC3     1 0.39324      0.03421   
  LH2   LC2     1 0.38523      0.03085   
   LP    LP     1 0.37399      0.0523   
   LP   LOS     1 0.33496      0.05359    
   LP   LP2     1 0.38483      0.03529   
   LP   LP3     1 0.38489      0.04306   
   LP   LC3     1 0.38487      0.04451   
   LP   LC2     1 0.37699      0.04017   
  LOS   LOS     1 0.29998      0.05495   
  LOS   LP2     1 0.34464      0.36185   
  LOS   LP3     1 0.34468      0.04419   
  LOS   LC3     1 0.34466      0.04564   
  LOS   LC2     1 0.33762      0.04118   
  LP2   LP2     1 0.39596      0.02382   
  LP2   LP3     1 0.396        0.02909   
  LP2   LC3     1 0.39599      0.03005   
  LP2   LC2     1 0.38789      0.02712   
  LP3   LP3     1 0.39601      0.03556   
  LP3   LC3     1 0.396        0.03673   
  LP3   LC2     1 0.38792      0.03313   
  LC3   LC3     1 0.39599      0.03793   
  LC3   LC2     1 0.38791      0.03422   
  LC2   LC2     1 0.37998      0.03088   
In the dmpcopls.itp,
 the [pairs] is repeated twice as per the double pairlist requirement.
[ moleculetype ]

;   name  nrexcl
  DMPC       3

[ atoms ]
;     id   atype   resnr resname   aname    cgnr  charge    mass
       1     LC3       1   DMPC      CN1       0  0.4000 15.0350
       2     LC3       1   DMPC      CN2       0  0.4000 15.0350
       3     LC3       1   DMPC      CN3       0  0.4000 15.0350
       4     LNL       1   DMPC      NTM       0 -0.5000 14.0067
       5     LH2       1   DMPC       CA       0  0.3000 14.0270
       6     LC2       1   DMPC       CB       1  0.4000 14.0270
       7     LOS       1   DMPC       OA       1 -0.8000 15.9994
       8      LP       1   DMPC        P       1  1.7000 30.9738
       9     LOM       1   DMPC       OB       1 -0.8000 15.9994
      10     LOM       1   DMPC       OC       1 -0.8000 15.9994
      11     LOS       1   DMPC       OD       1 -0.7000 15.9994
      12     LC2       1   DMPC       CC       2  0.4000 14.0270
      13     LH1       1   DMPC       CD       2  0.3000 13.0190
      14     LOS       1   DMPC       OE       2 -0.7000 15.9994
      15      LC       1   DMPC      C2A       2  0.7000 12.0110
      16      LO       1   DMPC       OF       2 -0.7000 15.9994
      17     LP2       1   DMPC      C2B       3  0.0000 14.0270
      18     LP2       1   DMPC      C2C       4  0.0000 14.0270
      19     LP2       1   DMPC      C2D       5  0.0000 14.0270
      20     LP2       1   DMPC      C2E       6  0.0000 14.0270
      21     LP2       1   DMPC      C2F       7  0.0000 14.0270
      22     LP2       1   DMPC      C2G       8  0.0000 14.0270
      23     LP2       1   DMPC      C2H       9  0.0000 14.0270
      24     LP2       1   DMPC      C2I      10  0.0000 14.0270
      25     LP2       1   DMPC      C2J      11  0.0000 14.0270
      26     LP2       1   DMPC      C2K      12  0.0000 14.0270
      27     LP2       1   DMPC      C2L      13  0.0000 14.0270
      28     LP2       1   DMPC      C2M      14  0.0000 14.0270
      29     LP3       1   DMPC      C2N      15  0.0000 15.0350
      30     LC2       1   DMPC       CE      18  0.5000 14.0270
      31     LOS       1   DMPC       OG      18 -0.7000 15.9994
      32      LC       1   DMPC      C1A      18  0.8000 12.0110
      33      LO       1   DMPC       OH      18 -0.6000 15.9994
      34     LP2       1   DMPC      C1B      19  0.0000 14.0270
      35     LP2       1   DMPC      C1C      20  0.0000 14.0270
      36     LP2       1   DMPC      C1D      21  0.0000 14.0270
      37     LP2       1   DMPC      C1E      22  0.0000 14.0270
      38     LP2       1   DMPC      C1F      23  0.0000 14.0270
      39     LP2       1   DMPC      C1G      24  0.0000 14.0270
      40     LP2       1   DMPC      C1H      25  0.0000 14.0270
      41     LP2       1   DMPC      C1I      26  0.0000 14.0270
      42     LP2       1   DMPC      C1J      27  0.0000 14.0270
      43     LP2       1   DMPC      C1K      28  0.0000 14.0270
      44     LP2       1   DMPC      C1L      29  0.0000 14.0270
      45     LP2       1   DMPC      C1M      30  0.0000 14.0270
      46     LP3       1   DMPC      C1N      31  0.0000 15.0350

[ bonds ]
;     ai      aj    func          b0          cb
       1       4       1 0.14700E+00 0.37660E+06
       2       4       1 0.14700E+00 0.37660E+06
       3       4       1 0.14700E+00 0.37660E+06
       4       5       1 0.14700E+00 0.37660E+06
       5       6       1 0.15300E+00 0.33470E+06
       6       7       1 0.14300E+00 0.33470E+06
       7       8       1 0.16100E+00 0.25100E+06
       8       9       1 0.14800E+00 0.33470E+06
       8      10       1 0.14800E+00 0.33470E+06
       8      11       1 0.16100E+00 0.25100E+06
      11      12       1 0.14300E+00 0.33470E+06
      12      13       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      13      14       1 0.14300E+00 0.33470E+06
      14      15       1 0.13600E+00 0.37660E+06
      15      16       1 0.12300E+00 0.50210E+06
      15      17       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      17      18       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      18      19       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      19      20       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      20      21       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      21      22       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      22      23       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      23      24       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      24      25       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      25      26       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      26      27       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      27      28       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      28      29       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      13      30       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      30      31       1 0.14300E+00 0.33470E+06
      31      32       1 0.13600E+00 0.37660E+06
      32      33       1 0.12300E+00 0.50210E+06
      32      34       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      34      35       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      35      36       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      36      37       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      37      38       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      38      39       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      39      40       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      40      41       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      41      42       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      42      43       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      43      44       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      44      45       1 0.15300E+00 0.33470E+06
      45      46       1 0.15300E+00 0.33470E+06

[ pairs ]
;Here is the first copy
;     ai      aj    func          c6         c12
       1       6       1
       2       6       1
       3       6       1
       4       7       1
       5       8       1
       6       9       1
       6      10       1
       6      11       1
       7      12       1
       8      13       1
       9      12       1
      10      12       1
      11      14       1
      11      30       1
      12      15       1
      12      31       1
      13      16       1
      13      17       1
      13      32       1
      14      18       1
      14      31       1
      15      19       1
      15      30       1
      16      18       1
      30      33       1
      30      34       1
      31      35       1
      32      36       1
      33      35       1
; Here is the second copy. Only use this with the modified LJ-14 epsilon values
       1       6       1
       2       6       1
       3       6       1
       4       7       1
       5       8       1
       6       9       1
       6      10       1
       6      11       1
       7      12       1
       8      13       1
       9      12       1
      10      12       1
      11      14       1
      11      30       1
      12      15       1
      12      31       1
      13      16       1
      13      17       1
      13      32       1
      14      18       1
      14      31       1
      15      19       1
      15      30       1
      16      18       1
      30      33       1
      30      34       1
      31      35       1
      32      36       1
      33      35       1
Thank you all  Gromacs developers for upcomming suggestions




Planet Earth is in the hot seat. Know more.
_______________________________________________
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to [EMAIL PROTECTED]
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php

Reply via email to