http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-August/029155.html



Mark:
I am sorry to disturb you. I'm a beginner of GROMACS and this "mailing-list" system. I even don't know how to replay a post directly. And yesterday I haven't seen your replay because the list title changed, sorry again!

About the problem, I haven't resolved it yet. The .top file of my ATP molecule is generated by the pdb2gmx, and the coordinates of each atom adopted to the pdb file. The force file is ffG43a2. Whether my topology file of ATP molecule have something wrong? The topology file of ATP as following:

;    File '../ATP/ATP.top' was generated
;    By user: root (0)
;    On host: mjduan-desktop
;    At date: Wed Aug 15 16:55:53 2007
;
;    This is your topology file
;    "Does All This Money Really Have To Go To Char ity ?" (Rick)
;
; Include forcefield parameters
#include "ffG43a2.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein             3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
     1         NR      1    ATP    AN9      1       -0.2    14.0067   ; qtot -0.2
     2          C      1  60;  ATP    AC4      1        0.2     12.011   ; qtot 0
     3         NR      1    ATP    AN3      2      -0.36    14.0067   ; qtot -0.36
     4        CR1      1    ATP    AC2      2       0.36     13.019   ; qtot 0
     5         NR      1    ATP    AN1      3      -0.36    14.0067   ; qtot -0.36
     6          C      1    ATP    AC6      3       0.36     12.011   ; qtot 0
     7         NT      1    ATP    AN6      4      -0.83    14.0067   ; qtot -0.83
     8          H      1    ATP   AH61      4      0.415      1.008   ; qtot -0.415
     9          H      1&# 160;   ATP   AH62      4      0.415      1.008   ; qtot 0
    10          C      1    ATP    AC5      5          0     12.011   ; qtot 0
    11         NR      1    ATP    AN7      5      -0.36    14.0067   ; qtot -0.36
    12        CR1      1    ATP    AC8      5       0.36     13.019&# 160;  ; qtot 0
    13        CH1      1    ATP   AC1*      6        0.2     13.019   ; qtot 0.2
    14         OA      1    ATP   AO4*      6      -0.36    15.9994   ; qtot -0.16
    15        CH1      1    ATP   AC4*      6       0.16     13.019   ; qtot 0
    16        CH1      1    ATP   AC2*  & #160;   7       0.15     13.019   ; qtot 0.15
    17         OA      1    ATP   AO2*      7     -0.548    15.9994   ; qtot -0.398
    18          H      1    ATP   AH2*      7      0.398      1.008   ; qtot 0
    19        CH1      1    ATP   AC3*      8       0.15     13.019   ; qtot 0.15
    20     &# 160;   OA      1    ATP   AO3*      8     -0.548    15.9994   ; qtot -0.398
    21          H      1    ATP   AH3*      8      0.398      1.008   ; qtot 0
    22        CH2      1    ATP   AC5*      9          0     14.027   ; qtot 0
    23         OA      1    ATP   AO5*     10      -0.36  60;  15.9994   ; qtot -0.36
    24          P      1    ATP    APA     10      0.705    30.9738   ; qtot 0.345
    25         OM      1    ATP   O1PA     10     -0.635    15.9994   ; qtot -0.29
    26         OM      1    ATP   O2PA     10     -0.635    15.9994   ; qtot -0.925
    27         OA      1    ATP   O3PA &# 160;   11      -0.36    15.9994   ; qtot -1.285
    28          P      1    ATP    APB     11      0.705    30.9738   ; qtot -0.58
    29         OM      1    ATP   O1PB     11     -0.635    15.9994   ; qtot -1.215
    30         OM      1    ATP   O2PB     11     -0.635    15.9994   ; qtot -1.85
    31         OA  &# 160;   1    ATP   O3PB     12      -0.36    15.9994   ; qtot -2.21
    32          P      1    ATP    APG     12       0.63    30.9738   ; qtot -1.58
    33         OM      1    ATP   O1PG     12     -0.635    15.9994   ; qtot -2.215
    34         OM      1    ATP   O2PG     12     -0.635    15.9994   ; qtot -2.85
    ; 35         OA      1    ATP   O3PG     12     -0.548    15.9994   ; qtot -3.398
    36          H      1    ATP   H3PG     12      0.398      1.008   ; qtot -3

[ bonds ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     2     2    gb_9
    1   ;  12     2    gb_9
    1    13     2    gb_21
    2     3     2    gb_11
    2    10     2    gb_15
    3     4     2    gb_6
    4     5     2    gb_6
    5     6     2    gb_11
    6     7     2    gb_8
    6    10     2    gb_15
    7     8     2    gb_2
    7  ;    9     2    gb_2
   10    11     2    gb_9
   11    12     2    gb_9
   13    14     2    gb_19
   13    16     2    gb_25
   14    15     2    gb_19
   15    19     2    gb_25
   15    22     2    gb_25
   16    17     2    gb_19
   16    19     2    gb_25
   17    18     2    gb_1   19    20     2    gb_19
   20    21     2    gb_1
   22    23     2    gb_19
   23    24     2    gb_27
   24    25     2    gb_23
   24    26     2    gb_23
   24    27     2    gb_27
   27    28     2    gb_27
   28    29     2    gb_23
   28    30     2    gb_23
   28    31     2 0;   gb_27
   31    32     2    gb_27
   32    33     2    gb_23
   32    34     2    gb_23
   32    35     2    gb_27
   35    36     2    gb_1

[ pairs ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1    15     1
    1    17     1
   0; 1    19     1
    2    14     1
    2    16     1
    5     8     1
    5     9     1
    7    11     1
    8    10     1
    9    10     1
   12    14     1
   12    16     1
   13    18     1
   13    20     1
   13    22     1
   14    17    0; 1
   14    20     1
   14    23     1
   15    17     1
   15    21     1
   15    24     1
   16    21     1
   16    22     1
   17    20     1
   18    19     1
   19    23     1
   20    22     1
   22    25     1
   22    26     1
   22    27     1
   23    28     1
   24    29     1
   24    30     1
   24    31     1
   25    28     1
   26    28     1
   27    32     1
   28    33     1
   28    34     1
   28    35     1
   29    32     1
   30    32     1

[ angles ]
;  ai    aj    ak funct            c0             c1            c2            c3
    2     1    12     2    ga_6
    2     1    13     2    ga_36
   12     1    13     2    ga_36
    1     2     3     2    ga_38
    1     2    10     2    ga_6
    3     2    10     2    ga_26
    2     3      4     2    ga_26
    3     4     5     2    ga_26
    4     5     6     2    ga_26
    5     6     7     2    ga_26
    5     6    10     2    ga_26
    7     6    10     2    ga_26
    6     7     8     2    ga_22
    6     7     9     2    ga_22
    8   & #160; 7     9     2    ga_23
    2    10     6     2    ga_26
    2    10    11     2    ga_6
    6    10    11     2    ga_38
   10    11    12     2    ga_6
    1    12    11     2    ga_6
    1    13    14     2    ga_8
    1    13    16     2    ga_8
   14    13    16    0; 2    ga_8
   13    14    15     2    ga_9
   14    15    19     2    ga_8
   14    15    22     2    ga_8
   19    15    22     2    ga_7
   13    16    17     2    ga_8
   13    16    19     2    ga_7
   17    16    19     2    ga_8
   16    17    18     2    ga_11
   15    19    16&# 160;    2    ga_7
   15    19    20     2    ga_8
   16    19    20     2    ga_8
   19    20    21     2    ga_11
   15    22    23     2    ga_8
   22    23    24     2    ga_25
   23    24    25     2    ga_13
   23    24    26     2    ga_13
   23    24    27     2    ga_4
   25    24     26     2    ga_28
   25    24    27     2    ga_13
   26    24    27     2    ga_13
   24    27    28     2    ga_25
   27    28    29     2    ga_13
   27    28    30     2    ga_13
   27    28    31     2    ga_4
   29    28    30     2    ga_28
   29    28    31     2    ga_13
  60; 30    28    31     2    ga_13
   28    31    32     2    ga_25
   31    32    33     2    ga_13
   31    32    34     2    ga_13
   31    32    35     2    ga_4
   33    32    34     2    ga_28
   33    32    35     2    ga_13
   34    32    35     2    ga_13
   32    35    36     2     ga_11

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    2     1    13    14     1    gd_6
   10     6     7     8     1    gd_4
   16    13    14    15     1    gd_14
    1&# 160;   13    16    17     1    gd_7
   14    13    16    17     1    gd_8
   14    13    16    19     1    gd_17
   14    13    16    19     1    gd_7
   13    14    15    19     1    gd_14
   14    15    19    16     1    gd_7
   14    15    19    20     1    gd_8
   22    15    19   0; 16     1    gd_17
   22    15    19    20     1    gd_7
   14    15    22    23     1    gd_8
   19    15    22    23     1    gd_17
   19    15    22    23     1    gd_7
   13    16    17    18     1    gd_12
   13    16    19    15     1    gd_17
   13    16    19    20     1    gd_7
   17    16    19    15     1    gd_7
   17    16    19    20     1    gd_8
   15    19    20    21     1    gd_12
   15    22    23    24     1    gd_14
   22    23    24    27     1    gd_11
   22    23    24    27     1    gd_9
   23    24    27    28     1    gd_11
   23    24     27    28     1    gd_9
   24    27    28    31     1    gd_11
   24    27    28    31     1    gd_9
   27    28    31    32     1    gd_11
   27    28    31    32     1    gd_9
   28    31    32    35     1    gd_11
   28    31    32    35     1    gd_9
   31    32    35    36     1    gd_11
   31    32    35    36     1    gd_9

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3
    1    12    11    10     2    gi_1
    1     2    10    11     2    gi_1
    1    12     2    13     2    gi_1
   60; 2     3     4     5     2    gi_1
    2    10     6     5     2    gi_1
    2     1     3    10     2    gi_1
    2    11     6    10     2    gi_1
    2     1    12    11     2    gi_1
    2    10    11    12     2    gi_1
    3     2    10     6     2     gi_1
    3     4     5     6     2    gi_1
    4     3     2    10     2    gi_1
    4     5     6    10     2    gi_1
    6     9     8     7     2    gi_1
    6    10     5     7     2    gi_1
   10     2     1    12     2    gi_1
   13     1    14    ; 16     2    gi_2
   13    19    17    16     2    gi_2
   15    14    22    19     2    gi_2
   15    20    16    19     2    gi_2

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "spc.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000  & #160;    1000       1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein             1
SOL               871


--------------------------------

_______________________________________________
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to [EMAIL PROTECTED]
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php

Reply via email to