Et t'es pas capable de savoir quelles données sont manquantes en faisant
ne serait-ce qu'un COUNT(*) sur chacune des tables ?

Bref... http://www.maatkit.org/doc/maatkit.html et plus précisément
http://www.maatkit.org/doc/mk-table-checksum.html

Si tu lis bien, l'outil peut même te sortir un diff avec les requetes
SQL à réinjecter.

PS: Mon sentiment premier sur ton histoire est un soucis d'encodage qui
pourri de ton dump (genre UTF8 d'un côté mais pas de l'autre).
Le mieux pour sync 2 serveurs MySQL, ça reste quand même mysqlhotcopy...

Il y a plein de raison qui peuvent foirer un reimport d'un dump. Au hasard les foreign keys, les triggers/prod stock, etc...
Une parmi d'autre est le 'max_allowed_packet' de ton mysqldump.

Effectivement le meilleur moyen de synchroniser une base est mysqlhotcopy ou mieux son remplacant du coté de chez perconna : innobackupex et xtrabkup.
Sinon une commande relativement safe pour un dump :
mysqldump -u root -pXXXXX --add-drop-database --add-drop-table --all-databases --create-options --routines --disable-keys --lock-all-tables

ou : --single-transactions (mais j'ai eu des cas bizarres).


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Raphael



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