When there is an active region, the function org-fill-paragraph does not limit itself to the active region but also fills the paragraph before the active region.
Steps to reproduce. Use the following file. Mark the last two entry paragraphs, beginning at "Lorem" and ending at the end of the buffer ("erat."). Type 'M-q' (org-fill-paragraph). --8<---------------cut here---------------start------------->8--- * This is a test Aliquam erat volutpat. Nunc eleifend leo vitae magna. In id erat non orci commodo lobortis. Proin neque massa, cursus ut, gravida ut, lobortis eget, lacus. Sed diam. Praesent fermentum tempor tellus. Nullam tempus. Mauris ac felis vel velit tristique imperdiet. Donec at pede. Etiam vel neque nec dui dignissim bibendum. Vivamus id enim. Phasellus neque orci, porta a, aliquet quis, semper a, massa. Phasellus purus. Pellentesque tristique imperdiet tortor. Nam euismod tellus id erat. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetuer adipiscing elit. Donec hendrerit tempor tellus. Donec pretium posuere tellus. Proin quam nisl, tincidunt et, mattis eget, convallis nec, purus. Cum sociis natoque penatibus et magnis dis parturient montes, nascetur ridiculus mus. Nulla posuere. Donec vitae dolor. Nullam tristique diam non turpis. Cras placerat accumsan nulla. Nullam rutrum. Nam vestibulum accumsan nisl. Aliquam erat volutpat. Nunc eleifend leo vitae magna. In id erat non orci commodo lobortis. Proin neque massa, cursus ut, gravida ut, lobortis eget, lacus. Sed diam. Praesent fermentum tempor tellus. Nullam tempus. Mauris ac felis vel velit tristique imperdiet. Donec at pede. Etiam vel neque nec dui dignissim bibendum. Vivamus id enim. Phasellus neque orci, porta a, aliquet quis, semper a, massa. Phasellus purus. Pellentesque tristique imperdiet tortor. Nam euismod tellus id erat. --8<---------------cut here---------------end--------------->8--- This is the result. Note that the first paragraph, which is outside the selected region, is also filled. --8<---------------cut here---------------start------------->8--- * This is a test Aliquam erat volutpat. Nunc eleifend leo vitae magna. In id erat non orci commodo lobortis. Proin neque massa, cursus ut, gravida ut, lobortis eget, lacus. Sed diam. Praesent fermentum tempor tellus. Nullam tempus. Mauris ac felis vel velit tristique imperdiet. Donec at pede. Etiam vel neque nec dui dignissim bibendum. Vivamus id enim. Phasellus neque orci, porta a, aliquet quis, semper a, massa. Phasellus purus. Pellentesque tristique imperdiet tortor. Nam euismod tellus id erat. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetuer adipiscing elit. Donec hendrerit tempor tellus. Donec pretium posuere tellus. Proin quam nisl, tincidunt et, mattis eget, convallis nec, purus. Cum sociis natoque penatibus et magnis dis parturient montes, nascetur ridiculus mus. Nulla posuere. Donec vitae dolor. Nullam tristique diam non turpis. Cras placerat accumsan nulla. Nullam rutrum. Nam vestibulum accumsan nisl. Aliquam erat volutpat. Nunc eleifend leo vitae magna. In id erat non orci commodo lobortis. Proin neque massa, cursus ut, gravida ut, lobortis eget, lacus. Sed diam. Praesent fermentum tempor tellus. Nullam tempus. Mauris ac felis vel velit tristique imperdiet. Donec at pede. Etiam vel neque nec dui dignissim bibendum. Vivamus id enim. Phasellus neque orci, porta a, aliquet quis, semper a, massa. Phasellus purus. Pellentesque tristique imperdiet tortor. Nam euismod tellus id erat. --8<---------------cut here---------------end--------------->8--- Best, Matt