Toutes mes excuses, j'ai été un peu vite dans la description du bug.
Alors, j'utilise System->Preferences->Network Proxy pour modifier mes 
informations proxy. Voici la marche a suivre pour reproduire le bug:
1. Dans un terminal:
  cat /etc/apt/apt.conf donne un fichier vide
  echo $http_proxy donne une variable vide
2. Dans System->Preferences->Network Proxy:
  Je coche "Manual..."
  Je coche "Use the same..."
  J'écris l'adresse de mon proxy
  Dans détails, j'encode mon login et password.
  Je clique sur Apply System-Wide
3. Dans un terminal:
  cat /etc/etc/apt.conf me donne les lignes pour http et ftp (pas de ligne pour 
https?)
  echo $http_proxy me donne bien le proxy
4. Je retourne dans Network Proxy et coche "Direct internet..."
  Je clique sur Apply System-Wide...
5. Dans un terminal:
  echo $http_proxy n'est pas vide et contient toujours le proxy
  cat /etc/etc/apt.conf est bien vide.

Si maintenant, je crée une seconde location (une avec proxy, une autre
sans proxy) et que je switch entre l'une et l'autre, le fichier apt.conf
n'est pas mis a jour.

Avant la mise a jour de la beta, les login et password contenu dans
details étaient bien reproduit dans les configurations (http_proxy et
apt.conf). Depuis la beta cela n'est plus le cas. Est-ce normal? (bug
494373)

-- 
proxy setting don't change http_proxy value
https://bugs.launchpad.net/bugs/544033
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