Muchas gracias, en especial a la detallada explicacion de Javier M Mora. Ya he solucionado el problema. Yo solo habia leido el APT-Howto a la ligera (aunque me parece que esta informacion no esta alli). Me parecio muy interasante lo de la necesidad de guardar informacion de las transacciones inconclusas para los caso de dependencias ciclicas.
Saludos.