Tienes que centralizar la gestión de los permisos de usuarios (con sus grupos igual que active directory) creándoles su directorio local a cada pc, luego sucederá lo mismo como si fuera un usuario local.
Se me ocurre que si tus máquinas tienen el mismo hardware puedes hacer una semilla del SO con los programas mínimos, por lo que debes hacer una investigación previa con el nombre de todos los paquetes que deseas desinstalar; lo demás es historia. También se me ocurre que si no tienes el mismo hardware, instales en cada máquina llaves públicas ssh para que puedas acceder sin solicitus de password, y de este modo hacer un aptitude remove for a cada máquina con su respectiva dns. Para hacer esto debes saber qué desinstalar. Suerte
