El cp solo debería usarse como hack rápido y siempre con el gestor de bases de datos parado, prefiriendo siempre el dump de mysqldump porque le da el tratamiento/protección que los datos requieren.
Vamos, que la diferencia entre uno y otro es que para cp no som mas que archivos y directorios con usuarios, grupos y permisos, mientras que para mysqldump son mucho más que eso. Salut, jors