Mariodebian muchas gracias por tu respuesta, me recomendarias algun howto para la instalación de OTRS sobre Nginx ya que los que he visto son con Apache.
PD: Cuando copio el archivo /home/otrs/otrs/bin/fcgi-bin/installer.pl hacia /var/www/otrs y abro el navegador con la URL http://server/otrs/installer.plsolo me muestra el archivo en texto plano.