Es un bug de flash: http://www.google.com/search?q=flash+wmode+linux
El plugin en Linux no soporta el parámetro wmode lo que hace el flash transparente. Parece que efectivamente si es por ese tema que tu dices, http://www.linuxquestions.org/questions/debian-26/iceweasel-menus-hidden-by-flash-animation-623837/ -- "Al principio, el Hombre creó a Dios; y lo creó a su imagen y semejanza. Y el Hombre dio a Dios multitud de nombres, y el poder de que fuera el Señor de toda la tierra cuando al Hombre le conviniere."
