a mi me paso lo mismo, y la solucion es sencilla. vete a la carpeta .mldonkey de tu home, y borra el archivo mldonkey.pid si arrancas por la consola el servidor veras que te dice que ya esta corriendo el programa o que el pid ya esta ocupado. se debe a que por alguna razon el archivo ese no se ha borrado al cerrar el servidor de mldonkey. ya me ha pasado alguna vez eso de que no arranque, y siempre lo he solucionado de esta forma. ya nos diras si la cosa se te arreglar asi.
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