Pues no es ninguna burrada, al contrario es algo bastante serio. Y para nuestra desgracia, si es posible ejecuter virus desde linux (eso lo lei en un reporte de seguridad hace tiempo). Pero solo causara daños si tienes mal configurado el wine (de manera insegura). Lo mejor que puedes hacer es echale un vistazo a la pagina de wine y ver una forma segura de configurarlo para evitar esta clase de problemas.
PD: acuerdate de poner el OT con estas preguntas, hay que respetar las reglas.