SOy nuevo peo ya me he pegado panzadas con problemas parecidos. Se me ocurre que puede estar grabando en otro archivo como XF86Config a secas, anteriores versiones de xfree usaban ese archivo. Yo probaria a mover los archivos XF86* y parecidos a otra carpeta, excepto el XF86Config-4 claro, y luego a volver a configurar a ver si aparece un misterioso archivo XF* que antes no estaba.
Salu2 Marcos