Supongo que tu idea es correcta, y seguramente la más adecuada, pero ya que quieres que el servidor vnc se arranque después de KDE podrías escribir un script de arranque y colocarlo en ~/.kde/Autostart, por supuesto recordando darle permiso de ejecución. De esta forma te aseguras de que el usuario que arranca el vncserver es el usuario que ha ingresado en KDE (tal vez el problema de tu script sea que lo arrancas como root pero ingresas en KDE con otro usuario, no estoy muy seguro, nunca he trasteado en un script de esos).
A ver si te sirve de algo o solucionas el error que te da.
