Isso acontece porque o Nautilus utiliza utf8 (unicode) , e o seu terminal nao esta configurado para exibir caracteres unicode, somente iso(provavelmente 8859-1). Pra resolver, voce tem 2 opcoes. Configurar o seu ambiente inteiro para utf8 ou nao usar acentos nos nomes de diretorio (o que e' bastante recomendavel) Existe um tutorial para configurar o ambiente para utf8, mas nunca utilizei. Isso alguem aki da lista pode te ajudar melhor.. :)
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