Утилита tar была изначально расчитана на последовательную запись файлов на ленту. Если ленту перемотать до конца архива, то на неё можно что-то дозаписать, например обновлённые версии файлов. Но нельзя встать в середину ленты и удалить из неё файл или заменить файл его свежей копией, пока вы не воспользуетесь ножницами. Можно лишь пометить файл, как удалённый, либо дозаписать в конец архива его новую копию.
Если вам хочется держать бэкап файлов, тратя на архивацию минимум времени, советую воспользоваться соответствующими средствами. Это должны быть устройство с произвольным доступом к блокам (флешка, жёсткий диск) и программа для копирования изменённых файлов (rsync, например).
