Заглянул в тему, просмотрел одним глазом и вот что могу сказать по этому поводу.
Я тоже пользуюсь KDE, домашние каталоги пользователей у меня на ext3fs. Есть NTFS-диски примонтированные с помощью fuse-модуля ntfs-3g. Иногда наблюдаю похожие проблемы при работе с NTFS-разделами: новые программы не запускаются, или перестают перерисовывать экран. Если в этот момент посмотреть в консоли top, то можно увидеть что ресурсы системы усиленно отжирает famd - File Alertation Monitor Daemon (вроде так). Этот демон, как я понимаю, работает в связке с kded и оповещает об изменениях в файловой системе подписавшиеся KDE-программы. Если ничего не предпринимать, то через некоторе время famd самостоятельно отваливается и кем-то перезапускается (возможно kded, точно не знаю). Запускавшиеся во время зависания famd программы либо отваливаются через определённый тайм-аут, либо все разом запускаются при оживании famd. Обычно если я работаю с NTFS-разделом и что-то перестаёт реагировать, я сразу же принудительно убиваю famd, он автоматически запускается снова и все программы продолжают нормально работать. В принципе я не ожидаю полноценной работы от смонтированных с помощью fuse файловых систем и поэтому терплю этот глюк. Если у кого-то происходит то-же самое, можно отправить багрепорт. Только не знаю кому отправлять - мэнтейнеру famd, fuse или ntfs-3g?