Если кому-то понадобиться, то вот скрипт из двух файлов: (dists - подкаталог с пакетами)
################# cat mkdists #!/bin/sh dpkg-scanpackages dists /dev/null 2>/tmp/ScanPackErrors | gzip > dists/Packages.gz cat /tmp/ScanPackErrors ./rmOldDeb.pl /tmp/ScanPackErrors unlink /tmp/ScanPackErrors apt-get update ################# cat rmOldDeb.pl #!/usr/bin/perl -w foreach (<>){ if (/ignored data from (.+deb) !$/ || /filename (.+deb)\) is repeat;$/) { unlink $1; print "Deleted $1\n";} }