Вопрос был не в том как это сделать самому, а в том, что это должно работать само, без вмешательства в систему. По крайней мере, согласно changelog-у (/usr/share/doc/initscripts/changelog.gz) должно работать:
sysvinit (2.85-8) unstable; urgency=low * Clean /tmp, /var/run and /var/lock directly after mounting all local filesystems and once more after mounting network filesystems, but not more than once per directory (closes: #208226,#223495) Так что баг! Правда у меня testing от 18 января. Посмотрел внутрь этих скриптов, вроде похоже на правду, но не работает. Возможно я глючу, приду на работу и погляжу повнимательнее на все это хозяйство еще раз.