Bonjour tout le monde, Dans le patch ci-joint, une typo a été corrigée, une description de paquet (EMBOSS) a juste été déplacée, et tout le reste est nouveau.
Merci d'avances pour vos relectures ! -- Charles Plessy http://charles.plessy.org Wako, Saitama, Japan
? microbio.wml.patch Index: microbio.wml =================================================================== RCS file: /cvs/webwml/webwml/french/devel/debian-med/microbio.wml,v retrieving revision 1.18 diff -u -r1.18 microbio.wml --- microbio.wml 27 Jun 2007 01:40:32 -0000 1.18 +++ microbio.wml 26 Jul 2007 13:28:12 -0000 @@ -1,6 +1,6 @@ <define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie moléculaire et génétique</define-tag> -#use wml::debian::translation-check translation="1.76" maintainer="Charles Plessy" +#use wml::debian::translation-check translation="1.80" maintainer="Charles Plessy" #use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med" #$Id: microbio.wml,v 1.18 2007/06/27 01:40:32 charles-guest Exp $ @@ -143,6 +143,69 @@ pénalités d'insertion ou d'extension. </project> + +<project name="EMBOSS" + url="http://www.emboss.org/"; + license="GPL/LGPL" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/emboss";> + <p> + + <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (<q><em>E</em>uropean + <em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen <em>S</em>oftware + <em>S</em>uite</q>) est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse + de séquences spécialement écrits pour les besoins des biologistes moléculaires + (comme chez <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Les logiciels + se débrouillent avec des données dans divers formats et permettent même de + télécharger des séquences depuis la Toile de manière transparente. De plus, + comme ce paquet est livré avec des bibliothèques très fournies, c'est aussi + une plate-forme permettant à d'autre scientifiques d'écrire et produire + des logiciels dans le véritable esprit du libre. EMBOSS intègre aussi dans + un ensemble cohérent des logiciels et des outils disponibles autrement. + EMBOSS brise la tendance + <a href="http://www.emboss.org/history.html";>historique</a> + vers la marchandisation des logiciels + d'analyse de séquence. + </p> + <p>La suite EMBOSS</p> + <ul> + <li> + fournit un ensemble complet de programmes d'analyse + de séquence (une centaine) ; + </li> + <li>fournit des bibliothèques, AJAX et NUCLEUS ;</li> + <li>intègre des paquets disponibles indépendamment ;</li> + <li>encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de séquence ;</li> + <li>encourage les développeurs à utiliser les bibliothèques EMBOSS ailleurs ;</li> + <li>fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux, + Digital Unix, Irix, Tru64Unix et Solaris.</li> + </ul> + <p> + Avec EMBOSS, vous trouverez plus de cent programmes, couvrant les + domaines suivants : + </p> + <ul> + <li>l'alignement de séquence ;</li> + <li>l'interrogation rapide de banques de données avec des patrons de séquence ;</li> + <li>l'identification de motifs protéiques et l'analyse de domaines ;</li> + <li>l'analyse de motifs de séquences nucléotidiques, par exemple pour identifier + des îlots CpG ou des répétitions ;</li> + <li>l'analyse de l'utilisation des codons dans les petits génomes ;</li> + <li>l'identification rapide de motifs dans des grands ensembles de séquences ;</li> + <li>des outils pour présenter les résultats en vue d'une publication ;</li> + <li>et bien plus...</li> + </ul> +</project> + + +<project name="emboss-explorer" + url="http://embossgui.sourceforge.net/"; + license="Artistic and Perl" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/emboss-explorer";> + EMBOSS explorer est une interface web pour la suite bioinformatique EMBOSS. + Elle est écrite en Perl. +</project> + + <project name="e-PCR" url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi"; license="Public Domain" @@ -657,7 +720,7 @@ TeXshade est un programme d'ombrage d'alignement écrit en TeX/LaTeX qui peut prendre en charge des alignements multiples de séquences aux formats .MSF ou .ALN. Il fournit en plus des algorithmes d'ombrage classiques d'autres - modes mettant en valeur des aspects fonctionnels, comme l'hydopathie, + modes mettant en valeur des aspects fonctionnels, comme l'hydropathie, et une multitude de commandes pour contrôler la couleur, les styles, les annotations, les légendes, et permet même à l'utilisateur de définir des nouveaux modes d'ombrage. TeXshade combine la plus haute flexibilité @@ -733,6 +796,49 @@ </project> +<project name="Wise2" + url="http://www.ebi.ac.uk/Wise2/"; + license="GPL" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/wise";> + + Wise2 est un paquet spécialisé dans la comparaison de biopolymères, en + particulier l'ADN et les protéines. Beaucoup d'autres paquets ont des + fonctions similaires, comme BLAST (du NCBI) ou Fasta (par Bill Pearson). + D'autres encore, comme le paquet HMMER (Sean Eddy), ou le paquet SAM + (Université de Californie Santa Cruz) se concentrent sur la modélisation des + biopolymères par des automates de Markov à états cachés ( abrégé <q>HMM</q> + en anglais). + + Le point fort de Wise2 est la comparaison de séquences d'ADN en tenant compte + des peptides qui sont codés en elles. Ce type de comparaison permet la + prédiction simultanée de la structure d'un gène avec l'alignement. Il n'y a + pour le moment à notre connaissance aucun autre paquet contenant un tel + algorithme combinant la prédiction de gènes et la modélisation de domaines + protéiques par des automates de Markov à états cachés. + + Wise2 contient aussi d'autres algorithmes, tel le vénérable algorithme de + Smith et Waterman, de plus récents comme celui de Stephen Altschul + généralisant les pénalités d'extension, ou même des algorithmes encore en + phase de test comme <q>dba</q>. Le développement de ces algorithmes est aisé + dans un environnement tel que celui de Wise2. + + Wise2 a été écrit de manière à être réutilisable et maintenable. Bien qu'il + sont écrit en pur langage C, on peut accéder à ses fonctionnalités via Perl. + Des parties de ce paquet, voire le paquet entier, peuvent être utilisés par + d'autres programmes en C ou en C++ sans risquer des collisions de noms de + variables car chaque variable exportée est préfixée par un identifiant Wise2 + unique. L'ouverture vers Java et CORBA est en cours de considération, voir + la documentation sur l'interface de programmation pour plus de renseignements + à ce sujet. + + Enfin, bien qu'écrit en C, Wise2 utilise beaucoup le langage de génération de + code <q>Dynamite</q>. Dynamite a été écrit pour ce projet, par Ewan Birney. + La documentation de Dynamite se trouve sur le web à l'adresse suivante : + <a + href="http://www.sanger.ac.uk/Software/Dynamite";>http://www.sanger.ac.uk/Software/Dynamite</a> +</project> + + ###################################################################### ## Available as an inofficial Debian package ###################################################################### @@ -810,56 +916,16 @@ </project> -<project name="EMBOSS" - url="http://www.emboss.org/"; - license="GPL/LGPL" - deb="http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/packages/";> - <p> - - <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (<q><em>E</em>uropean - <em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen <em>S</em>oftware - <em>S</em>uite</q>) est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse - de séquences spécialement écrits pour les besoins des biologistes moléculaires - (comme chez <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Les logiciels - se débrouillent avec des données dans divers formats et permettent même de - télécharger des séquences depuis la Toile de manière transparente. De plus, - comme ce paquet est livré avec des bibliothèques très fournies, c'est aussi - une plate-forme permettant à d'autre scientifiques d'écrire et produire - des logiciels dans le véritable esprit du libre. EMBOSS intègre aussi dans - un ensemble cohérent des logiciels et des outils disponibles autrement. - EMBOSS brise la tendance - <a href="http://www.emboss.org/history.html";>historique</a> - vers la marchandisation des logiciels - d'analyse de séquence. - </p> - <p>La suite EMBOSS</p> - <ul> - <li> - fournit un ensemble complet de programmes d'analyse - de séquence (une centaine) ; - </li> - <li>fournit des bibliothèques, AJAX et NUCLEUS ;</li> - <li>intègre des paquets disponibles indépendamment ;</li> - <li>encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de séquence ;</li> - <li>encourage les développeurs à utiliser les bibliothèques EMBOSS ailleurs ;</li> - <li>fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux, - Digital Unix, Irix, Tru64Unix et Solaris.</li> - </ul> - <p> - Avec EMBOSS, vous trouverez plus de cent programmes, couvrant les - domaines suivants : - </p> - <ul> - <li>l'alignement de séquence ;</li> - <li>l'interrogation rapide de banques de données avec des patrons de séquence ;</li> - <li>l'identification de motifs protéiques et l'analyse de domaines ;</li> - <li>l'analyse de motifs de séquences nucléotidiques, par exemple pour identifier - des îlots CpG ou des répétitions ;</li> - <li>l'analyse de l'utilisation des codons dans les petits génomes ;</li> - <li>l'identification rapide de motifs dans des grands ensembles de séquences ;</li> - <li>des outils pour présenter les résultats en vue d'une publication ;</li> - <li>et bien plus...</li> - </ul> +<project name="Exonerate" + url="http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/"; + license="LGPL" + deb="http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/debian/exonerate_1.0.0-1_i386.deb";> + Beaucoup de fonctions de la suite logicielle <q>Wise</q> pour l'alignement de + séquences ont été réimplémentées en C pour une plus grande efficacité. + Exonerate est un des composants utilisés pour la construction des banques de + données génomiques ENSEMBL, en calculant des scores de similarité entre des + séquences d'ADN et d'ARN, déterminant par la-même les variants d'épissage et + les séquences codantes en général. </project> @@ -917,6 +983,16 @@ <title-debs-not-available /> </h2> +<project name="AutoDock" + url="http://autodock.scripps.edu/"; + license="GPL"> + AutoDock est une suite logicielle pour l'analyse moléculaire de l'interaction + entre un ligand et son récepteur. + + Le programme AutoDock teste l'interaction d'un ligand avec un ensemble de grilles + décrivant la protéine cible. AutoGrid pré-calcule ces grilles. +</project> + <project name="BALLView" url="http://www.ballview.org/"; @@ -965,6 +1041,18 @@ </project> +<project name="Galaxy" + url="http://g2.trac.bx.psu.edu/"; + license="MIT"> + Galaxy est une interface graphique web pour permettre à des utilisateurs + d'effectuer des opérations habituellement réservées à la ligne de commande, + comme la manipulation de séquences et d'annotations dans divers formats. + Galaxy est très lié avec l'explorateur de génome de l'université de + Californie Santa Cruz, et permet d'y représenter très aisément les + annotations modifiées. +</project> + + <project name="Genographer" url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/"; license="GPL">
