Le Thu, Jan 25, 2007 at 09:28:52AM +0900, Charles Plessy a écrit : > Le Wed, Jan 24, 2007 at 04:37:49AM +0100, Cyril Brulebois a écrit : > > > > Dans le paragraphe ajouté, s/existance/existence/ sinon ça me semble OK. > > Salut Cyril, > > milles excuses, j'avais perdu ta précédente relecture en refaisant une > nouvelle rustine.
Bonjour à tous, quelqu'un peut-il « commiter » le patch ? -- Charles Plessy http://charles.plessy.org Wako, Saitama, Japan
? microbio.wml.rustine Index: microbio.wml =================================================================== RCS file: /cvs/webwml/webwml/french/devel/debian-med/microbio.wml,v retrieving revision 1.12 diff -u -r1.12 microbio.wml --- microbio.wml 20 Aug 2006 15:07:01 -0000 1.12 +++ microbio.wml 24 Jan 2007 00:20:38 -0000 @@ -1,6 +1,6 @@ <define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie moléculaire et génétique</define-tag> -#use wml::debian::translation-check translation="1.64" maintainer="Charles Plessy" +#use wml::debian::translation-check translation="1.67" maintainer="Charles Plessy" #use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med" #$Id: microbio.wml,v 1.12 2006/08/20 15:07:01 thuriaux Exp $ @@ -75,7 +75,7 @@ license="<free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/blast2";> Le célèbre programme d'alignement de séquences. Ceci est la version - « officielle » numéro 2 du NCBI. Le programme + <q>officielle</q> numéro 2 du NCBI. Le programme blastall accepte en entrée une séquence nucléotidique ou protéique, la compare au contenu de banques de données, et renvoie à l'utilisateur un résumé des appariements. @@ -153,7 +153,7 @@ devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce programme. FastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais plus vite et en utilisant moins de mémoire, de manière à ce que des grands arbres - et/ou un grand nombre de répliquas « bootstrap » soient possibles. La + et/ou un grand nombre de répliquas <q>bootstrap</q> soient possibles. La principale modification de fastDNAml par rapport à DNAML 3.3 de PHYLIP est d'avoir été porté de PASCAL au C. </project> @@ -287,7 +287,7 @@ </p> <p> À partir d'un alignement multiple de séquences, HMMER construit un modèle - statistique appelé « modèle de Markov caché », qui peut ensuite + statistique appelé <q>modèle de Markov caché</q>, qui peut ensuite être utilisé pour interroger une banque de séquences afin de trouver plus d'homologues à la famille de séquences, et éventuellement les aligner. </p> @@ -321,8 +321,8 @@ quantitatifs, mais cette restriction sera levée dans une version future. L'estimation combinée du nombre de QTLs (<i>Quantitative Trait Loci</i>), de leur position et de leurs effets est faite par un saut réversible MCMC (RJMCMC). - Il est aussi possible de faire des analyses de type « affected only IBD - sharing ». + Il est aussi possible de faire des analyses de type <q>affected only IBD + sharing</q>. </project> @@ -362,8 +362,8 @@ license="Public Domain" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/muscle";> MUSCLE est un programme pour l'alignement multiple de séquences protéiques. - MUSCLE est un acronyme anglais signifiant « comparaison de séquences - multiples par log-expectation ». Dans des tests mesurant la qualité des + MUSCLE est un acronyme anglais signifiant <q>comparaison de séquences + multiples par log-expectation</q>. Dans des tests mesurant la qualité des alignements et effectués par ses auteurs, MUSCLE a obtenu les meilleurs notes parmi tous les programmes comparés. C'est aussi l'un des plus rapides. </project> @@ -384,7 +384,7 @@ <project name="PerlPrimer" url="http://perlprimer.sourceforge.net/"; license="GPL" - deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";> + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/perlprimer/";> PerlPrimer est une application graphique libre écrite en Perl pour choisir des amorces pour des PCR standard, à bisulfite, en temps réel et pour le séquençage. Son but est d'automatiser et de simplifier @@ -432,7 +432,7 @@ python. Il a été développé pour la visualisation en temps réel et la génération rapide d'images et d'animations de haute qualité. Il est modifiable et disponible librement pour tous, sous licence - « python ». Bien que relativement récent, PyMOL peut + <q>python</q>. Bien que relativement récent, PyMOL peut être utilisé pour produire des images ahurissantes avec une facilité jamais atteinte auparavant. Il peut aussi effectuer d'autres tâches utiles, comme éditer un fichier au format PDB, pour vous aider dans vos recherches. @@ -517,6 +517,22 @@ améliorer l'alignement localement. </project> +<project name="SIBsim4" + url="http://sibsim4.sourceforge.net/"; + license="<free />" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/sibsim4";> + Le projet <acronym lang="en" title="Swiss Institute of + Bioinformatics">SIB</acronym>sim4 est basé sur sim4, un programme pour aligner + une séquence d'<acronym lang="fr" title="Acide DésoxyriboNucléique + complémentaire">ADNc</acronym> sur une séquence génomique, en tenant compte de + l'existence d'introns. Sim4 a été écrit par Liliana Florea lorsqu'elle + travaillait dans le laboratoire de Webb Miller dans l'université de + Pennsylvanie. Dans SIBsim4, le code source original a été fortement remanié + avec comme buts : l'amélioration de la vitesse ; l'utilisation de + séquences d'ADN de l'ordre de grandeur d'un chromosome ; une meilleure + description des variants d'épissage et des sites de polyadénylation. +</project> + <project name="T-Coffee" url="http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html"; @@ -537,7 +553,7 @@ deux nouveaux environnements : <ul> <li> - L'environnement « textopo » est utilisé pour + L'environnement <q>textopo</q> est utilisé pour représenter les données sur la topologie des protéines membranaires dérivées de prédictions PHD, de la base de données SwissProt, ou de données entrées manuellement, contenant l'information sur la séquence et les @@ -545,7 +561,7 @@ </li> <li> - L'environnement « helical wheel » dessine des + L'environnement <q>helical wheel</q> dessine des domaines transmembranaires vus d'un côté ou de l'autre de la membrane cellulaire. </li> @@ -558,14 +574,14 @@ license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/tree-puzzle";> TREE-PUZZLE (le nouveau nom de PUZZLE) est une console interactive qui - implémente un algorithme rapide de recherche d'arbre, le « quartet - puzzling », qui permet l'analyse de données volumineuses et qui + implémente un algorithme rapide de recherche d'arbre, le <q>quartet + puzzling</q>, qui permet l'analyse de données volumineuses et qui assigne à chaque branche un estimateur de confiance. TREE-PUZZLE calcule aussi des distances paire à paire par vraisemblance maximale, ainsi que la taille des branches pour des arbres spécifiés par l'utilisateur. La taille des branches peut aussi être calculée sous l'hypothèse de l'horloge moléculaire. De plus, TREE-PUZZLE propose une nouvelle méthode, le - « likelihood mapping », pour tester la valeur d'une + <q>likelihood mapping</q>, pour tester la valeur d'une branche interne sans calculer un arbre entier et pour visualiser le contenu phylogénétique d'un alignement de séquences. </project> @@ -677,9 +693,9 @@ deb="http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/packages/";> <p> - <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (« <em>E</em>uropean + <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (<q><em>E</em>uropean <em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen <em>S</em>oftware - <em>S</em>uite ») est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse + <em>S</em>uite</q>) est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse de séquences spécialement écrits pour les besoins des biologistes moléculaires (comme chez <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Les logiciels se débrouillent avec des données dans divers formats et permettent même de @@ -786,7 +802,7 @@ </p> <p> La spécificité de SMILE est de permettre de manipuler ce que l'on - appelle des « motifs structurés », qui sont des + appelle des <q>motifs structurés</q>, qui sont des motifs associés par des contraintes de distance. </p> </project> @@ -845,7 +861,7 @@ progrès développés par la communauté académique, comme la boîte à outils Globus Metacomputing, le système d'entrée-sortie parallèle de fichiers HDF5, la bibliothèque PETSc, le démêlage adaptatif d'enchevêtrements - (« adaptive mesh refinement »), des interfaces web + (<q>adaptive mesh refinement</q>), des interfaces web et des outils avancés pour la visualisation. </p> </project> @@ -893,7 +909,7 @@ <project name="POA" url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/"; license="GPL"> - POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (« Partial Order Aligment » + POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (<q>Partial Order Aligment</q> en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquences. Ses points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement. @@ -913,8 +929,8 @@ <project name="Sigma" url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/"; license="GPL"> - Sigma (simple alignement multiple glouton, « SImple Greedy Multiple - Alignment » en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme + Sigma (simple alignement multiple glouton, <q>SImple Greedy Multiple + Alignment</q> en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant @@ -938,5 +954,5 @@ TM-align est un programme d'alignement structural qui compare deux protéines de séquences différentes. TM-align va d'abord rechercher les résidus les plus équivalents dans les deux protéines, d'après la similarité de leurs - structures, puis ensuite produit un score « TM ». + structures, puis ensuite produit un score <q>TM</q>. </project>
