--- Begin Message ---
Source: tiledb-py
Version: 0.19.1-1
Severity: serious
Tags: ftbfs
Justification: fails to build from source (but built successfully in the past)
https://buildd.debian.org/status/fetch.php?pkg=tiledb-py&arch=amd64&ver=0.19.1-1%2Bb1&stamp=1675121783&raw=0
x86_64-linux-gnu-gcc -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -g
-fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -g -fwrapv -O2 -g -O2
-ffile-prefix-map=/<<PKGBUILDDIR>>=. -fstack-protector-strong -Wformat
-Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC
-I/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include
-I/usr/lib/python3/dist-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python3.11
-c tiledb/cc/array.cc -o build/temp.linux-x86_64-cpython-311/tiledb/cc/array.o
-fvisibility=hidden -g -O2 -ffile-prefix-map=/<<PKGBUILDDIR>>=.
-fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -std=c++17
-Wno-deprecated-declarations -fvisibility=hidden
tiledb/cc/array.cc: In function ‘void
libtiledbcpp::init_array(pybind11::module&)’:
tiledb/cc/array.cc:149:11: error: no matching function for call to
‘pybind11::class_<tiledb::Array>::def(const char [13], <unresolved overloaded
function type>)’
15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable, py::object,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
17 | // py::object, py::object>())
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
18 | .def(
| ~~~~~
19 | py::init<const Context &, const std::string &,
tiledb_query_type_t>(),
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t* carray,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
22 | // tiledb_config_t* config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
23 | .def("is_open", &Array::is_open)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
24 | .def("uri", &Array::uri)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
25 | .def("schema", &Array::schema)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
27 | // open with encryption key
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
28 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
30 | const std::string &)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
31 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
32 | // open with encryption key and timestamp
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
33 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
35 | const std::string &, uint64_t)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
36 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
37 | .def("reopen", &Array::reopen)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
38 | .def("set_open_timestamp_start", &Array::set_open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
41 | &Array::open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
&Array::open_timestamp_end)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
43 | .def("set_config", &Array::set_config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
44 | .def("config", &Array::config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
45 | .def("close", &Array::close)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
46 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
48 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
49 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
51 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
52 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
55 | // Config*
const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
57 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
59 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &>(
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
60 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
61 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
63 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
64 | .def("load_schema",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
66 | &Array::load_schema))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
68 |
|
69 | // TODO non_empty_domain
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
70 | // TODO non_empty_domain_var
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
71 |
|
72 | .def("query_type", &Array::query_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
73 | .def("consolidate_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
75 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
76 | Config
*const>(&Array::consolidate_metadata))
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
77 | .def("put_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t tdb_type,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
79 | const py::buffer &b) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
80 | py::buffer_info info = b.request();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
81 |
|
82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
83 | // info.shape.end());
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
84 | size_t size = 1;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
85 | for (auto s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
86 | size *= s;
| ~~~~~~~~~~
87 | }
| ~
88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
89 |
|
90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
91 | /*
| ~~
92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
93 |
|
94 |
|
95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
97 |
|
98 | std::cout << "--|" << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
99 | for (auto& s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
100 | std::cout << s << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
101 | }
| ~
102 | */
| ~~
103 | })
| ~~
104 | .def("get_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
107 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
108 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
109 |
|
110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
111 |
|
112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
113 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
114 | }
| ~
115 |
|
116 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
117 | return py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
118 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
119 | })
| ~~
120 | .def("get_metadata_from_index",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
123 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
124 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
125 | std::string key;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
126 |
|
127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
&value_num,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
128 | &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~
129 |
|
130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
131 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
132 | }
| ~
133 | // TODO handle empty value case
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
134 |
|
135 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
137 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
138 |
|
139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
140 | })
| ~~
141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
142 | .def("has_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
144 | tiledb_datatype_t has_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
147 | })
| ~~
148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
| ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
In file included from
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/numpy.h:12,
from tiledb/cc/array.cc:4:
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1567:13:
note: candidate: ‘template<class Func, class ... Extra> pybind11::class_<type_,
options>& pybind11::class_<type_, options>::def(const char*, Func&&, const
Extra& ...) [with Extra = Func; type_ = tiledb::Array; options = {}]’
1567 | class_ &def(const char *name_, Func &&f, const Extra &...extra) {
| ^~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1567:13:
note: template argument deduction/substitution failed:
tiledb/cc/array.cc:149:11: note: couldn’t deduce template parameter ‘Func’
15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable, py::object,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
17 | // py::object, py::object>())
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
18 | .def(
| ~~~~~
19 | py::init<const Context &, const std::string &,
tiledb_query_type_t>(),
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t* carray,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
22 | // tiledb_config_t* config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
23 | .def("is_open", &Array::is_open)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
24 | .def("uri", &Array::uri)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
25 | .def("schema", &Array::schema)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
27 | // open with encryption key
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
28 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
30 | const std::string &)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
31 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
32 | // open with encryption key and timestamp
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
33 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
35 | const std::string &, uint64_t)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
36 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
37 | .def("reopen", &Array::reopen)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
38 | .def("set_open_timestamp_start", &Array::set_open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
41 | &Array::open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
&Array::open_timestamp_end)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
43 | .def("set_config", &Array::set_config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
44 | .def("config", &Array::config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
45 | .def("close", &Array::close)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
46 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
48 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
49 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
51 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
52 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
55 | // Config*
const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
57 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
59 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &>(
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
60 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
61 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
63 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
64 | .def("load_schema",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
66 | &Array::load_schema))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
68 |
|
69 | // TODO non_empty_domain
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
70 | // TODO non_empty_domain_var
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
71 |
|
72 | .def("query_type", &Array::query_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
73 | .def("consolidate_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
75 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
76 | Config
*const>(&Array::consolidate_metadata))
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
77 | .def("put_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t tdb_type,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
79 | const py::buffer &b) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
80 | py::buffer_info info = b.request();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
81 |
|
82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
83 | // info.shape.end());
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
84 | size_t size = 1;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
85 | for (auto s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
86 | size *= s;
| ~~~~~~~~~~
87 | }
| ~
88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
89 |
|
90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
91 | /*
| ~~
92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
93 |
|
94 |
|
95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
97 |
|
98 | std::cout << "--|" << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
99 | for (auto& s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
100 | std::cout << s << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
101 | }
| ~
102 | */
| ~~
103 | })
| ~~
104 | .def("get_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
107 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
108 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
109 |
|
110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
111 |
|
112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
113 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
114 | }
| ~
115 |
|
116 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
117 | return py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
118 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
119 | })
| ~~
120 | .def("get_metadata_from_index",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
123 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
124 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
125 | std::string key;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
126 |
|
127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
&value_num,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
128 | &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~
129 |
|
130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
131 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
132 | }
| ~
133 | // TODO handle empty value case
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
134 |
|
135 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
137 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
138 |
|
139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
140 | })
| ~~
141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
142 | .def("has_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
144 | tiledb_datatype_t has_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
147 | })
| ~~
148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
| ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1592:13:
note: candidate: ‘template<class T, class ... Extra, typename
std::enable_if<T::op_enable_if_hook, int>::type <anonymous> >
pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_, options>::def(const
T&, const Extra& ...) [with Extra = T; typename
std::enable_if<T::op_enable_if_hook, int>::type <anonymous> = {Extra ...};
type_ = tiledb::Array; options = {}]’
1592 | class_ &def(const T &op, const Extra &...extra) {
| ^~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1592:13:
note: template argument deduction/substitution failed:
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1591:95:
error: ‘op_enable_if_hook’ is not a member of ‘char [13]’
1591 | template <typename T, typename... Extra,
detail::enable_if_t<T::op_enable_if_hook, int> = 0>
|
^
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1604:13:
note: candidate: ‘template<class ... Args, class ... Extra>
pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_, options>::def(const
pybind11::detail::initimpl::constructor<Args ...>&, const Extra& ...) [with
Args = {Args ...}; Extra = {Extra ...}; type_ = tiledb::Array; options = {}]’
1604 | class_ &def(const detail::initimpl::constructor<Args...> &init,
const Extra &...extra) {
| ^~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1604:13:
note: template argument deduction/substitution failed:
tiledb/cc/array.cc:149:11: note: mismatched types ‘const
pybind11::detail::initimpl::constructor<Args ...>’ and ‘const char [13]’
15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable, py::object,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
17 | // py::object, py::object>())
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
18 | .def(
| ~~~~~
19 | py::init<const Context &, const std::string &,
tiledb_query_type_t>(),
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t* carray,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
22 | // tiledb_config_t* config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
23 | .def("is_open", &Array::is_open)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
24 | .def("uri", &Array::uri)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
25 | .def("schema", &Array::schema)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
27 | // open with encryption key
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
28 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
30 | const std::string &)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
31 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
32 | // open with encryption key and timestamp
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
33 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
35 | const std::string &, uint64_t)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
36 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
37 | .def("reopen", &Array::reopen)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
38 | .def("set_open_timestamp_start", &Array::set_open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
41 | &Array::open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
&Array::open_timestamp_end)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
43 | .def("set_config", &Array::set_config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
44 | .def("config", &Array::config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
45 | .def("close", &Array::close)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
46 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
48 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
49 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
51 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
52 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
55 | // Config*
const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
57 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
59 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &>(
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
60 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
61 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
63 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
64 | .def("load_schema",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
66 | &Array::load_schema))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
68 |
|
69 | // TODO non_empty_domain
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
70 | // TODO non_empty_domain_var
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
71 |
|
72 | .def("query_type", &Array::query_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
73 | .def("consolidate_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
75 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
76 | Config
*const>(&Array::consolidate_metadata))
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
77 | .def("put_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t tdb_type,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
79 | const py::buffer &b) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
80 | py::buffer_info info = b.request();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
81 |
|
82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
83 | // info.shape.end());
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
84 | size_t size = 1;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
85 | for (auto s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
86 | size *= s;
| ~~~~~~~~~~
87 | }
| ~
88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
89 |
|
90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
91 | /*
| ~~
92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
93 |
|
94 |
|
95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
97 |
|
98 | std::cout << "--|" << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
99 | for (auto& s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
100 | std::cout << s << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
101 | }
| ~
102 | */
| ~~
103 | })
| ~~
104 | .def("get_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
107 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
108 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
109 |
|
110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
111 |
|
112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
113 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
114 | }
| ~
115 |
|
116 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
117 | return py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
118 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
119 | })
| ~~
120 | .def("get_metadata_from_index",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
123 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
124 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
125 | std::string key;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
126 |
|
127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
&value_num,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
128 | &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~
129 |
|
130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
131 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
132 | }
| ~
133 | // TODO handle empty value case
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
134 |
|
135 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
137 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
138 |
|
139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
140 | })
| ~~
141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
142 | .def("has_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
144 | tiledb_datatype_t has_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
147 | })
| ~~
148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
| ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1611:13:
note: candidate: ‘template<class ... Args, class ... Extra>
pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_, options>::def(const
pybind11::detail::initimpl::alias_constructor<Args ...>&, const Extra& ...)
[with Args = {Args ...}; Extra = {Extra ...}; type_ = tiledb::Array; options =
{}]’
1611 | class_ &def(const detail::initimpl::alias_constructor<Args...>
&init, const Extra &...extra) {
| ^~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1611:13:
note: template argument deduction/substitution failed:
tiledb/cc/array.cc:149:11: note: mismatched types ‘const
pybind11::detail::initimpl::alias_constructor<Args ...>’ and ‘const char [13]’
15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable, py::object,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
17 | // py::object, py::object>())
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
18 | .def(
| ~~~~~
19 | py::init<const Context &, const std::string &,
tiledb_query_type_t>(),
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t* carray,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
22 | // tiledb_config_t* config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
23 | .def("is_open", &Array::is_open)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
24 | .def("uri", &Array::uri)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
25 | .def("schema", &Array::schema)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
27 | // open with encryption key
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
28 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
30 | const std::string &)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
31 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
32 | // open with encryption key and timestamp
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
33 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
35 | const std::string &, uint64_t)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
36 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
37 | .def("reopen", &Array::reopen)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
38 | .def("set_open_timestamp_start", &Array::set_open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
41 | &Array::open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
&Array::open_timestamp_end)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
43 | .def("set_config", &Array::set_config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
44 | .def("config", &Array::config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
45 | .def("close", &Array::close)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
46 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
48 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
49 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
51 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
52 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
55 | // Config*
const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
57 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
59 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &>(
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
60 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
61 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
63 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
64 | .def("load_schema",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
66 | &Array::load_schema))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
68 |
|
69 | // TODO non_empty_domain
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
70 | // TODO non_empty_domain_var
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
71 |
|
72 | .def("query_type", &Array::query_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
73 | .def("consolidate_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
75 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
76 | Config
*const>(&Array::consolidate_metadata))
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
77 | .def("put_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t tdb_type,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
79 | const py::buffer &b) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
80 | py::buffer_info info = b.request();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
81 |
|
82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
83 | // info.shape.end());
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
84 | size_t size = 1;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
85 | for (auto s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
86 | size *= s;
| ~~~~~~~~~~
87 | }
| ~
88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
89 |
|
90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
91 | /*
| ~~
92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
93 |
|
94 |
|
95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
97 |
|
98 | std::cout << "--|" << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
99 | for (auto& s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
100 | std::cout << s << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
101 | }
| ~
102 | */
| ~~
103 | })
| ~~
104 | .def("get_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
107 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
108 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
109 |
|
110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
111 |
|
112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
113 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
114 | }
| ~
115 |
|
116 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
117 | return py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
118 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
119 | })
| ~~
120 | .def("get_metadata_from_index",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
123 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
124 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
125 | std::string key;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
126 |
|
127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
&value_num,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
128 | &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~
129 |
|
130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
131 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
132 | }
| ~
133 | // TODO handle empty value case
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
134 |
|
135 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
137 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
138 |
|
139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
140 | })
| ~~
141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
142 | .def("has_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
144 | tiledb_datatype_t has_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
147 | })
| ~~
148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
| ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1618:13:
note: candidate: ‘template<class ... Args, class ... Extra>
pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_,
options>::def(pybind11::detail::initimpl::factory<Args ...>&&, const Extra&
...) [with Args = {Args ...}; Extra = {Extra ...}; type_ = tiledb::Array;
options = {}]’
1618 | class_ &def(detail::initimpl::factory<Args...> &&init, const Extra
&...extra) {
| ^~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1618:13:
note: template argument deduction/substitution failed:
tiledb/cc/array.cc:149:11: note: mismatched types
‘pybind11::detail::initimpl::factory<Args ...>’ and ‘const char [13]’
15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable, py::object,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
17 | // py::object, py::object>())
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
18 | .def(
| ~~~~~
19 | py::init<const Context &, const std::string &,
tiledb_query_type_t>(),
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t* carray,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
22 | // tiledb_config_t* config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
23 | .def("is_open", &Array::is_open)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
24 | .def("uri", &Array::uri)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
25 | .def("schema", &Array::schema)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
27 | // open with encryption key
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
28 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
30 | const std::string &)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
31 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
32 | // open with encryption key and timestamp
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
33 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
35 | const std::string &, uint64_t)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
36 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
37 | .def("reopen", &Array::reopen)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
38 | .def("set_open_timestamp_start", &Array::set_open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
41 | &Array::open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
&Array::open_timestamp_end)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
43 | .def("set_config", &Array::set_config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
44 | .def("config", &Array::config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
45 | .def("close", &Array::close)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
46 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
48 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
49 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
51 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
52 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
55 | // Config*
const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
57 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
59 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &>(
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
60 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
61 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
63 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
64 | .def("load_schema",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
66 | &Array::load_schema))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
68 |
|
69 | // TODO non_empty_domain
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
70 | // TODO non_empty_domain_var
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
71 |
|
72 | .def("query_type", &Array::query_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
73 | .def("consolidate_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
75 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
76 | Config
*const>(&Array::consolidate_metadata))
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
77 | .def("put_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t tdb_type,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
79 | const py::buffer &b) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
80 | py::buffer_info info = b.request();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
81 |
|
82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
83 | // info.shape.end());
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
84 | size_t size = 1;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
85 | for (auto s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
86 | size *= s;
| ~~~~~~~~~~
87 | }
| ~
88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
89 |
|
90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
91 | /*
| ~~
92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
93 |
|
94 |
|
95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
97 |
|
98 | std::cout << "--|" << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
99 | for (auto& s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
100 | std::cout << s << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
101 | }
| ~
102 | */
| ~~
103 | })
| ~~
104 | .def("get_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
107 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
108 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
109 |
|
110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
111 |
|
112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
113 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
114 | }
| ~
115 |
|
116 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
117 | return py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
118 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
119 | })
| ~~
120 | .def("get_metadata_from_index",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
123 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
124 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
125 | std::string key;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
126 |
|
127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
&value_num,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
128 | &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~
129 |
|
130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
131 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
132 | }
| ~
133 | // TODO handle empty value case
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
134 |
|
135 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
137 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
138 |
|
139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
140 | })
| ~~
141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
142 | .def("has_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
144 | tiledb_datatype_t has_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
147 | })
| ~~
148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
| ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1624:13:
note: candidate: ‘template<class ... Args, class ... Extra>
pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_,
options>::def(pybind11::detail::initimpl::pickle_factory<Args ...>&&, const
Extra& ...) [with Args = {Args ...}; Extra = {Extra ...}; type_ =
tiledb::Array; options = {}]’
1624 | class_ &def(detail::initimpl::pickle_factory<Args...> &&pf, const
Extra &...extra) {
| ^~~
/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1624:13:
note: template argument deduction/substitution failed:
tiledb/cc/array.cc:149:11: note: mismatched types
‘pybind11::detail::initimpl::pickle_factory<Args ...>’ and ‘const char [13]’
15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable, py::object,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
17 | // py::object, py::object>())
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
18 | .def(
| ~~~~~
19 | py::init<const Context &, const std::string &,
tiledb_query_type_t>(),
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t* carray,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
22 | // tiledb_config_t* config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
23 | .def("is_open", &Array::is_open)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
24 | .def("uri", &Array::uri)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
25 | .def("schema", &Array::schema)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
27 | // open with encryption key
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
28 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
30 | const std::string &)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
31 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
32 | // open with encryption key and timestamp
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
33 | .def("open",
| ~~~~~~~~~~~~
34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
tiledb_encryption_type_t,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
35 | const std::string &, uint64_t)) &
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
36 | Array::open)
| ~~~~~~~~~~~~
37 | .def("reopen", &Array::reopen)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
38 | .def("set_open_timestamp_start", &Array::set_open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
41 | &Array::open_timestamp_start)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
&Array::open_timestamp_end)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
43 | .def("set_config", &Array::set_config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
44 | .def("config", &Array::config)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
45 | .def("close", &Array::close)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
46 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
48 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
49 | .def("consolidate",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
51 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
52 | Config *const>(&Array::consolidate))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
55 | // Config*
const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
57 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
59 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &>(
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
60 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
61 | .def("create",
| ~~~~~~~~~~~~~~
62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
63 | &Array::create))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
64 | .def("load_schema",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
66 | &Array::load_schema))
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
68 |
|
69 | // TODO non_empty_domain
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
70 | // TODO non_empty_domain_var
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
71 |
|
72 | .def("query_type", &Array::query_type)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
73 | .def("consolidate_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
75 | tiledb_encryption_type_t, const
std::string &,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
76 | Config
*const>(&Array::consolidate_metadata))
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
77 | .def("put_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t tdb_type,
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
79 | const py::buffer &b) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
80 | py::buffer_info info = b.request();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
81 |
|
82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
83 | // info.shape.end());
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
84 | size_t size = 1;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
85 | for (auto s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
86 | size *= s;
| ~~~~~~~~~~
87 | }
| ~
88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
89 |
|
90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
91 | /*
| ~~
92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
93 |
|
94 |
|
95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
97 |
|
98 | std::cout << "--|" << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
99 | for (auto& s : info.shape) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
100 | std::cout << s << std::endl;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
101 | }
| ~
102 | */
| ~~
103 | })
| ~~
104 | .def("get_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
107 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
108 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
109 |
|
110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
111 |
|
112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
113 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
114 | }
| ~
115 |
|
116 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
117 | return py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
118 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
119 | })
| ~~
120 | .def("get_metadata_from_index",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
123 | uint32_t value_num;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
124 | const void *data_ptr;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
125 | std::string key;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~
126 |
|
127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
&value_num,
|
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
128 | &data_ptr);
| ~~~~~~~~~~~
129 |
|
130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
131 | throw py::key_error();
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
132 | }
| ~
133 | // TODO handle empty value case
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
134 |
|
135 | assert(data_ptr != nullptr);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
137 | data_ptr, value_num * tiledb_datatype_size(tdb_type));
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
138 |
|
139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
140 | })
| ~~
141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
142 | .def("has_metadata",
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
144 | tiledb_datatype_t has_type;
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
147 | })
| ~~
148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
| ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
| ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
error: command '/usr/bin/x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit code 1
E: pybuild pybuild:388: build: plugin distutils failed with: exit code=1:
/usr/bin/python3 setup.py build
dh_auto_build: error: pybuild --build -i python{version} -p 3.11 returned exit
code 13
make[1]: *** [debian/rules:21: override_dh_auto_build] Error 25
Cheers
--
Sebastian Ramacher
--- End Message ---
