--- Begin Message ---
Source: tiledb-py
Version: 0.19.1-1
Severity: serious
Justification: FTBFS
Tags: bookworm sid ftbfs
User: lu...@debian.org
Usertags: ftbfs-20230203 ftbfs-bookworm
Hi,
During a rebuild of all packages in sid, your package failed to build
on amd64.
Relevant part (hopefully):
> x86_64-linux-gnu-gcc -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -g
> -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -g -fwrapv -O2 -g
> -O2 -ffile-prefix-map=/<<PKGBUILDDIR>>=. -fstack-protector-strong -Wformat
> -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC
> -I/usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include
> -I/usr/lib/python3/dist-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python3.11
> -c tiledb/cc/array.cc -o
> build/temp.linux-x86_64-cpython-311/tiledb/cc/array.o -fvisibility=hidden -g
> -O2 -ffile-prefix-map=/<<PKGBUILDDIR>>=. -fstack-protector-strong -Wformat
> -Werror=format-security -std=c++17 -Wno-deprecated-declarations
> -fvisibility=hidden
> tiledb/cc/array.cc: In function ‘void
> libtiledbcpp::init_array(pybind11::module&)’:
> tiledb/cc/array.cc:149:11: error: no matching function for call to
> ‘pybind11::class_<tiledb::Array>::def(const char [13], <unresolved overloaded
> function type>)’
> 15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable,
> py::object,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 17 | // py::object, py::object>())
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 18 | .def(
> | ~~~~~
> 19 | py::init<const Context &, const std::string &,
> tiledb_query_type_t>(),
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t*
> carray,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 22 | // tiledb_config_t* config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 23 | .def("is_open", &Array::is_open)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 24 | .def("uri", &Array::uri)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 25 | .def("schema", &Array::schema)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 27 | // open with encryption key
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 28 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 30 | const std::string &)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 31 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 32 | // open with encryption key and timestamp
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 33 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 35 | const std::string &, uint64_t)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 36 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 37 | .def("reopen", &Array::reopen)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 38 | .def("set_open_timestamp_start",
> &Array::set_open_timestamp_start)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 41 | &Array::open_timestamp_start)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
> &Array::open_timestamp_end)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 43 | .def("set_config", &Array::set_config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 44 | .def("config", &Array::config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 45 | .def("close", &Array::close)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 46 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 48 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 49 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 51 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 52 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 55 | // Config*
> const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 57 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 59 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 60 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 61 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema
> &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 63 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 64 | .def("load_schema",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 66 | &Array::load_schema))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 68 |
> |
> 69 | // TODO non_empty_domain
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 70 | // TODO non_empty_domain_var
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 71 |
> |
> 72 | .def("query_type", &Array::query_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 73 | .def("consolidate_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 75 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 76 | Config
> *const>(&Array::consolidate_metadata))
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 77 | .def("put_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t
> tdb_type,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 79 | const py::buffer &b) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 80 | py::buffer_info info = b.request();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 81 |
> |
> 82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 83 | // info.shape.end());
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 84 | size_t size = 1;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 85 | for (auto s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 86 | size *= s;
> | ~~~~~~~~~~
> 87 | }
> | ~
> 88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 89 |
> |
> 90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 91 | /*
> | ~~
> 92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 93 |
> |
> 94 |
> |
> 95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 97 |
> |
> 98 | std::cout << "--|" << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 99 | for (auto& s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 100 | std::cout << s << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 101 | }
> | ~
> 102 | */
> | ~~
> 103 | })
> | ~~
> 104 | .def("get_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 107 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 108 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 109 |
> |
> 110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 111 |
> |
> 112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 113 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 114 | }
> | ~
> 115 |
> |
> 116 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 117 | return py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 118 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 119 | })
> | ~~
> 120 | .def("get_metadata_from_index",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 123 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 124 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 125 | std::string key;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 126 |
> |
> 127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
> &value_num,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 128 | &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~
> 129 |
> |
> 130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 131 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 132 | }
> | ~
> 133 | // TODO handle empty value case
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 134 |
> |
> 135 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 137 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 138 |
> |
> 139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 140 | })
> | ~~
> 141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 142 | .def("has_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 144 | tiledb_datatype_t has_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 147 | })
> | ~~
> 148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
> | ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> In file included from
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/numpy.h:12,
> from tiledb/cc/array.cc:4:
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1567:13:
> note: candidate: ‘template<class Func, class ... Extra>
> pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_, options>::def(const
> char*, Func&&, const Extra& ...) [with Extra = Func; type_ = tiledb::Array;
> options = {}]’
> 1567 | class_ &def(const char *name_, Func &&f, const Extra &...extra) {
> | ^~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1567:13:
> note: template argument deduction/substitution failed:
> tiledb/cc/array.cc:149:11: note: couldn’t deduce template parameter ‘Func’
> 15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable,
> py::object,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 17 | // py::object, py::object>())
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 18 | .def(
> | ~~~~~
> 19 | py::init<const Context &, const std::string &,
> tiledb_query_type_t>(),
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t*
> carray,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 22 | // tiledb_config_t* config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 23 | .def("is_open", &Array::is_open)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 24 | .def("uri", &Array::uri)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 25 | .def("schema", &Array::schema)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 27 | // open with encryption key
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 28 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 30 | const std::string &)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 31 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 32 | // open with encryption key and timestamp
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 33 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 35 | const std::string &, uint64_t)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 36 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 37 | .def("reopen", &Array::reopen)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 38 | .def("set_open_timestamp_start",
> &Array::set_open_timestamp_start)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 41 | &Array::open_timestamp_start)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
> &Array::open_timestamp_end)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 43 | .def("set_config", &Array::set_config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 44 | .def("config", &Array::config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 45 | .def("close", &Array::close)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 46 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 48 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 49 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 51 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 52 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 55 | // Config*
> const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 57 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 59 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 60 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 61 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema
> &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 63 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 64 | .def("load_schema",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 66 | &Array::load_schema))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 68 |
> |
> 69 | // TODO non_empty_domain
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 70 | // TODO non_empty_domain_var
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 71 |
> |
> 72 | .def("query_type", &Array::query_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 73 | .def("consolidate_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 75 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 76 | Config
> *const>(&Array::consolidate_metadata))
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 77 | .def("put_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t
> tdb_type,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 79 | const py::buffer &b) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 80 | py::buffer_info info = b.request();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 81 |
> |
> 82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 83 | // info.shape.end());
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 84 | size_t size = 1;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 85 | for (auto s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 86 | size *= s;
> | ~~~~~~~~~~
> 87 | }
> | ~
> 88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 89 |
> |
> 90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 91 | /*
> | ~~
> 92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 93 |
> |
> 94 |
> |
> 95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 97 |
> |
> 98 | std::cout << "--|" << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 99 | for (auto& s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 100 | std::cout << s << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 101 | }
> | ~
> 102 | */
> | ~~
> 103 | })
> | ~~
> 104 | .def("get_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 107 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 108 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 109 |
> |
> 110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 111 |
> |
> 112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 113 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 114 | }
> | ~
> 115 |
> |
> 116 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 117 | return py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 118 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 119 | })
> | ~~
> 120 | .def("get_metadata_from_index",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 123 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 124 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 125 | std::string key;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 126 |
> |
> 127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
> &value_num,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 128 | &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~
> 129 |
> |
> 130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 131 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 132 | }
> | ~
> 133 | // TODO handle empty value case
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 134 |
> |
> 135 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 137 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 138 |
> |
> 139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 140 | })
> | ~~
> 141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 142 | .def("has_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 144 | tiledb_datatype_t has_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 147 | })
> | ~~
> 148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
> | ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1592:13:
> note: candidate: ‘template<class T, class ... Extra, typename
> std::enable_if<T::op_enable_if_hook, int>::type <anonymous> >
> pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_, options>::def(const
> T&, const Extra& ...) [with Extra = T; typename
> std::enable_if<T::op_enable_if_hook, int>::type <anonymous> = {Extra ...};
> type_ = tiledb::Array; options = {}]’
> 1592 | class_ &def(const T &op, const Extra &...extra) {
> | ^~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1592:13:
> note: template argument deduction/substitution failed:
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1591:95:
> error: ‘op_enable_if_hook’ is not a member of ‘char [13]’
> 1591 | template <typename T, typename... Extra,
> detail::enable_if_t<T::op_enable_if_hook, int> = 0>
> |
> ^
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1604:13:
> note: candidate: ‘template<class ... Args, class ... Extra>
> pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_, options>::def(const
> pybind11::detail::initimpl::constructor<Args ...>&, const Extra& ...) [with
> Args = {Args ...}; Extra = {Extra ...}; type_ = tiledb::Array; options = {}]’
> 1604 | class_ &def(const detail::initimpl::constructor<Args...> &init,
> const Extra &...extra) {
> | ^~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1604:13:
> note: template argument deduction/substitution failed:
> tiledb/cc/array.cc:149:11: note: mismatched types ‘const
> pybind11::detail::initimpl::constructor<Args ...>’ and ‘const char [13]’
> 15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable,
> py::object,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 17 | // py::object, py::object>())
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 18 | .def(
> | ~~~~~
> 19 | py::init<const Context &, const std::string &,
> tiledb_query_type_t>(),
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t*
> carray,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 22 | // tiledb_config_t* config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 23 | .def("is_open", &Array::is_open)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 24 | .def("uri", &Array::uri)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 25 | .def("schema", &Array::schema)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 27 | // open with encryption key
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 28 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 30 | const std::string &)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 31 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 32 | // open with encryption key and timestamp
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 33 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 35 | const std::string &, uint64_t)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 36 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 37 | .def("reopen", &Array::reopen)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 38 | .def("set_open_timestamp_start",
> &Array::set_open_timestamp_start)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 41 | &Array::open_timestamp_start)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
> &Array::open_timestamp_end)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 43 | .def("set_config", &Array::set_config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 44 | .def("config", &Array::config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 45 | .def("close", &Array::close)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 46 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 48 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 49 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 51 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 52 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 55 | // Config*
> const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 57 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 59 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 60 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 61 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema
> &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 63 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 64 | .def("load_schema",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 66 | &Array::load_schema))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 68 |
> |
> 69 | // TODO non_empty_domain
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 70 | // TODO non_empty_domain_var
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 71 |
> |
> 72 | .def("query_type", &Array::query_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 73 | .def("consolidate_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 75 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 76 | Config
> *const>(&Array::consolidate_metadata))
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 77 | .def("put_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t
> tdb_type,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 79 | const py::buffer &b) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 80 | py::buffer_info info = b.request();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 81 |
> |
> 82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 83 | // info.shape.end());
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 84 | size_t size = 1;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 85 | for (auto s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 86 | size *= s;
> | ~~~~~~~~~~
> 87 | }
> | ~
> 88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 89 |
> |
> 90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 91 | /*
> | ~~
> 92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 93 |
> |
> 94 |
> |
> 95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 97 |
> |
> 98 | std::cout << "--|" << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 99 | for (auto& s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 100 | std::cout << s << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 101 | }
> | ~
> 102 | */
> | ~~
> 103 | })
> | ~~
> 104 | .def("get_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 107 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 108 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 109 |
> |
> 110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 111 |
> |
> 112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 113 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 114 | }
> | ~
> 115 |
> |
> 116 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 117 | return py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 118 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 119 | })
> | ~~
> 120 | .def("get_metadata_from_index",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 123 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 124 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 125 | std::string key;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 126 |
> |
> 127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
> &value_num,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 128 | &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~
> 129 |
> |
> 130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 131 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 132 | }
> | ~
> 133 | // TODO handle empty value case
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 134 |
> |
> 135 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 137 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 138 |
> |
> 139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 140 | })
> | ~~
> 141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 142 | .def("has_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 144 | tiledb_datatype_t has_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 147 | })
> | ~~
> 148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
> | ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1611:13:
> note: candidate: ‘template<class ... Args, class ... Extra>
> pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_, options>::def(const
> pybind11::detail::initimpl::alias_constructor<Args ...>&, const Extra& ...)
> [with Args = {Args ...}; Extra = {Extra ...}; type_ = tiledb::Array; options
> = {}]’
> 1611 | class_ &def(const detail::initimpl::alias_constructor<Args...>
> &init, const Extra &...extra) {
> | ^~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1611:13:
> note: template argument deduction/substitution failed:
> tiledb/cc/array.cc:149:11: note: mismatched types ‘const
> pybind11::detail::initimpl::alias_constructor<Args ...>’ and ‘const char [13]’
> 15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable,
> py::object,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 17 | // py::object, py::object>())
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 18 | .def(
> | ~~~~~
> 19 | py::init<const Context &, const std::string &,
> tiledb_query_type_t>(),
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t*
> carray,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 22 | // tiledb_config_t* config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 23 | .def("is_open", &Array::is_open)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 24 | .def("uri", &Array::uri)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 25 | .def("schema", &Array::schema)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 27 | // open with encryption key
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 28 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 30 | const std::string &)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 31 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 32 | // open with encryption key and timestamp
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 33 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 35 | const std::string &, uint64_t)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 36 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 37 | .def("reopen", &Array::reopen)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 38 | .def("set_open_timestamp_start",
> &Array::set_open_timestamp_start)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 41 | &Array::open_timestamp_start)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
> &Array::open_timestamp_end)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 43 | .def("set_config", &Array::set_config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 44 | .def("config", &Array::config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 45 | .def("close", &Array::close)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 46 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 48 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 49 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 51 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 52 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 55 | // Config*
> const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 57 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 59 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 60 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 61 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema
> &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 63 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 64 | .def("load_schema",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 66 | &Array::load_schema))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 68 |
> |
> 69 | // TODO non_empty_domain
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 70 | // TODO non_empty_domain_var
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 71 |
> |
> 72 | .def("query_type", &Array::query_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 73 | .def("consolidate_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 75 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 76 | Config
> *const>(&Array::consolidate_metadata))
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 77 | .def("put_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t
> tdb_type,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 79 | const py::buffer &b) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 80 | py::buffer_info info = b.request();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 81 |
> |
> 82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 83 | // info.shape.end());
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 84 | size_t size = 1;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 85 | for (auto s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 86 | size *= s;
> | ~~~~~~~~~~
> 87 | }
> | ~
> 88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 89 |
> |
> 90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 91 | /*
> | ~~
> 92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 93 |
> |
> 94 |
> |
> 95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 97 |
> |
> 98 | std::cout << "--|" << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 99 | for (auto& s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 100 | std::cout << s << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 101 | }
> | ~
> 102 | */
> | ~~
> 103 | })
> | ~~
> 104 | .def("get_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 107 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 108 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 109 |
> |
> 110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 111 |
> |
> 112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 113 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 114 | }
> | ~
> 115 |
> |
> 116 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 117 | return py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 118 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 119 | })
> | ~~
> 120 | .def("get_metadata_from_index",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 123 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 124 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 125 | std::string key;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 126 |
> |
> 127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
> &value_num,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 128 | &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~
> 129 |
> |
> 130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 131 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 132 | }
> | ~
> 133 | // TODO handle empty value case
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 134 |
> |
> 135 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 137 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 138 |
> |
> 139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 140 | })
> | ~~
> 141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 142 | .def("has_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 144 | tiledb_datatype_t has_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 147 | })
> | ~~
> 148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
> | ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1618:13:
> note: candidate: ‘template<class ... Args, class ... Extra>
> pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_,
> options>::def(pybind11::detail::initimpl::factory<Args ...>&&, const Extra&
> ...) [with Args = {Args ...}; Extra = {Extra ...}; type_ = tiledb::Array;
> options = {}]’
> 1618 | class_ &def(detail::initimpl::factory<Args...> &&init, const
> Extra &...extra) {
> | ^~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1618:13:
> note: template argument deduction/substitution failed:
> tiledb/cc/array.cc:149:11: note: mismatched types
> ‘pybind11::detail::initimpl::factory<Args ...>’ and ‘const char [13]’
> 15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable,
> py::object,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 17 | // py::object, py::object>())
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 18 | .def(
> | ~~~~~
> 19 | py::init<const Context &, const std::string &,
> tiledb_query_type_t>(),
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t*
> carray,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 22 | // tiledb_config_t* config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 23 | .def("is_open", &Array::is_open)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 24 | .def("uri", &Array::uri)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 25 | .def("schema", &Array::schema)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 27 | // open with encryption key
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 28 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 30 | const std::string &)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 31 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 32 | // open with encryption key and timestamp
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 33 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 35 | const std::string &, uint64_t)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 36 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 37 | .def("reopen", &Array::reopen)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 38 | .def("set_open_timestamp_start",
> &Array::set_open_timestamp_start)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 41 | &Array::open_timestamp_start)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
> &Array::open_timestamp_end)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 43 | .def("set_config", &Array::set_config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 44 | .def("config", &Array::config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 45 | .def("close", &Array::close)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 46 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 48 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 49 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 51 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 52 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 55 | // Config*
> const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 57 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 59 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 60 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 61 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema
> &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 63 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 64 | .def("load_schema",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 66 | &Array::load_schema))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 68 |
> |
> 69 | // TODO non_empty_domain
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 70 | // TODO non_empty_domain_var
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 71 |
> |
> 72 | .def("query_type", &Array::query_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 73 | .def("consolidate_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 75 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 76 | Config
> *const>(&Array::consolidate_metadata))
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 77 | .def("put_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t
> tdb_type,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 79 | const py::buffer &b) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 80 | py::buffer_info info = b.request();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 81 |
> |
> 82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 83 | // info.shape.end());
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 84 | size_t size = 1;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 85 | for (auto s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 86 | size *= s;
> | ~~~~~~~~~~
> 87 | }
> | ~
> 88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 89 |
> |
> 90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 91 | /*
> | ~~
> 92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 93 |
> |
> 94 |
> |
> 95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 97 |
> |
> 98 | std::cout << "--|" << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 99 | for (auto& s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 100 | std::cout << s << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 101 | }
> | ~
> 102 | */
> | ~~
> 103 | })
> | ~~
> 104 | .def("get_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 107 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 108 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 109 |
> |
> 110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 111 |
> |
> 112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 113 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 114 | }
> | ~
> 115 |
> |
> 116 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 117 | return py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 118 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 119 | })
> | ~~
> 120 | .def("get_metadata_from_index",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 123 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 124 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 125 | std::string key;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 126 |
> |
> 127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
> &value_num,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 128 | &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~
> 129 |
> |
> 130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 131 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 132 | }
> | ~
> 133 | // TODO handle empty value case
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 134 |
> |
> 135 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 137 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 138 |
> |
> 139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 140 | })
> | ~~
> 141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 142 | .def("has_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 144 | tiledb_datatype_t has_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 147 | })
> | ~~
> 148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
> | ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1624:13:
> note: candidate: ‘template<class ... Args, class ... Extra>
> pybind11::class_<type_, options>& pybind11::class_<type_,
> options>::def(pybind11::detail::initimpl::pickle_factory<Args ...>&&, const
> Extra& ...) [with Args = {Args ...}; Extra = {Extra ...}; type_ =
> tiledb::Array; options = {}]’
> 1624 | class_ &def(detail::initimpl::pickle_factory<Args...> &&pf, const
> Extra &...extra) {
> | ^~~
> /usr/lib/python3/dist-packages/pybind11/include/pybind11/pybind11.h:1624:13:
> note: template argument deduction/substitution failed:
> tiledb/cc/array.cc:149:11: note: mismatched types
> ‘pybind11::detail::initimpl::pickle_factory<Args ...>’ and ‘const char [13]’
> 15 | py::class_<tiledb::Array>(m, "Array")
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 16 | //.def(py::init<py::object, py::object, py::iterable,
> py::object,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 17 | // py::object, py::object>())
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 18 | .def(
> | ~~~~~
> 19 | py::init<const Context &, const std::string &,
> tiledb_query_type_t>(),
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 20 | py::keep_alive<1, 2>() /* Array keeps Context alive */)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 21 | // TODO capsule Array(const Context& ctx, tiledb_array_t*
> carray,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 22 | // tiledb_config_t* config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 23 | .def("is_open", &Array::is_open)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 24 | .def("uri", &Array::uri)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 25 | .def("schema", &Array::schema)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 26 | //.def("ptr", [](Array& arr){ return py::capsule(arr.ptr()); } )
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 27 | // open with encryption key
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 28 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 29 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 30 | const std::string &)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 31 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 32 | // open with encryption key and timestamp
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 33 | .def("open",
> | ~~~~~~~~~~~~
> 34 | (void (Array::*)(tiledb_query_type_t,
> tiledb_encryption_type_t,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 35 | const std::string &, uint64_t)) &
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 36 | Array::open)
> | ~~~~~~~~~~~~
> 37 | .def("reopen", &Array::reopen)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 38 | .def("set_open_timestamp_start",
> &Array::set_open_timestamp_start)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 39 | .def("set_open_timestamp_end", &Array::set_open_timestamp_end)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 40 | .def_property_readonly("open_timestamp_start",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 41 | &Array::open_timestamp_start)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 42 | .def_property_readonly("open_timestamp_end",
> &Array::open_timestamp_end)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 43 | .def("set_config", &Array::set_config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 44 | .def("config", &Array::config)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 45 | .def("close", &Array::close)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 46 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 47 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 48 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 49 | .def("consolidate",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 50 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 51 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 52 | Config *const>(&Array::consolidate))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 53 | //(void (Array::*)(const Context&, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 54 | // tiledb_encryption_type_t, const std::string&,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 55 | // Config*
> const)&Array::consolidate)&Array::consolidate)
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 56 | .def("vacuum", &Array::vacuum)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 57 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 58 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 59 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 60 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 61 | .def("create",
> | ~~~~~~~~~~~~~~
> 62 | py::overload_cast<const std::string &, const ArraySchema
> &>(
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 63 | &Array::create))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 64 | .def("load_schema",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 65 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &>(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 66 | &Array::load_schema))
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 67 | .def("encryption_type", &Array::encryption_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 68 |
> |
> 69 | // TODO non_empty_domain
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 70 | // TODO non_empty_domain_var
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 71 |
> |
> 72 | .def("query_type", &Array::query_type)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 73 | .def("consolidate_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 74 | py::overload_cast<const Context &, const std::string &,
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 75 | tiledb_encryption_type_t, const
> std::string &,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 76 | Config
> *const>(&Array::consolidate_metadata))
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 77 | .def("put_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 78 | [](Array &self, std::string &key, tiledb_datatype_t
> tdb_type,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 79 | const py::buffer &b) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 80 | py::buffer_info info = b.request();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 81 |
> |
> 82 | // size_t size = std::reduce(info.shape.begin(),
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 83 | // info.shape.end());
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 84 | size_t size = 1;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 85 | for (auto s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 86 | size *= s;
> | ~~~~~~~~~~
> 87 | }
> | ~
> 88 | // size_t nbytes = size * info.itemsize;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 89 |
> |
> 90 | self.put_metadata(key, tdb_type, size, info.ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 91 | /*
> | ~~
> 92 | std::cout << "ndim: " << info.ndim << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 93 |
> |
> 94 |
> |
> 95 | std::cout << "sz: " << size << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 96 | std::cout << "imsz: " << info.itemsize << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 97 |
> |
> 98 | std::cout << "--|" << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 99 | for (auto& s : info.shape) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 100 | std::cout << s << std::endl;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 101 | }
> | ~
> 102 | */
> | ~~
> 103 | })
> | ~~
> 104 | .def("get_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 105 | [](Array &self, std::string &key) -> py::buffer {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 106 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 107 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 108 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 109 |
> |
> 110 | self.get_metadata(key, &tdb_type, &value_num, &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 111 |
> |
> 112 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 113 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 114 | }
> | ~
> 115 |
> |
> 116 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 117 | return py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 118 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 119 | })
> | ~~
> 120 | .def("get_metadata_from_index",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 121 | [](Array &self, uint64_t index) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 122 | tiledb_datatype_t tdb_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 123 | uint32_t value_num;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 124 | const void *data_ptr;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 125 | std::string key;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~
> 126 |
> |
> 127 | self.get_metadata_from_index(index, &key, &tdb_type,
> &value_num,
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 128 | &data_ptr);
> | ~~~~~~~~~~~
> 129 |
> |
> 130 | if (data_ptr == nullptr && value_num != 1) {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 131 | throw py::key_error();
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 132 | }
> | ~
> 133 | // TODO handle empty value case
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 134 |
> |
> 135 | assert(data_ptr != nullptr);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 136 | auto buf = py::memoryview::from_memory(
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 137 | data_ptr, value_num *
> tiledb_datatype_size(tdb_type));
> |
> ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 138 |
> |
> 139 | return py::make_tuple(tdb_type, buf);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 140 | })
> | ~~
> 141 | .def("delete_metadata", &Array::delete_metadata)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 142 | .def("has_metadata",
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 143 | [](Array &self, std::string &key) -> py::tuple {
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 144 | tiledb_datatype_t has_type;
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 145 | bool has_it = self.has_metadata(key, &has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 146 | return py::make_tuple(has_it, has_type);
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 147 | })
> | ~~
> 148 | .def("metadata_num", &Array::metadata_num)
> | ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> 149 | .def("delete_array", &Array::delete_array);
> | ~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
> error: command '/usr/bin/x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit code 1
> E: pybuild pybuild:388: build: plugin distutils failed with: exit code=1:
> /usr/bin/python3 setup.py build
> dh_auto_build: error: pybuild --build -i python{version} -p 3.11 returned
> exit code 13
> make[1]: *** [debian/rules:21: override_dh_auto_build] Error 25
The full build log is available from:
http://qa-logs.debian.net/2023/02/03/tiledb-py_0.19.1-1_unstable.log
All bugs filed during this archive rebuild are listed at:
https://bugs.debian.org/cgi-bin/pkgreport.cgi?tag=ftbfs-20230203;users=lu...@debian.org
or:
https://udd.debian.org/bugs/?release=na&merged=ign&fnewerval=7&flastmodval=7&fusertag=only&fusertagtag=ftbfs-20230203&fusertaguser=lu...@debian.org&allbugs=1&cseverity=1&ctags=1&caffected=1#results
A list of current common problems and possible solutions is available at
http://wiki.debian.org/qa.debian.org/FTBFS . You're welcome to contribute!
If you reassign this bug to another package, please mark it as 'affects'-ing
this package. See https://www.debian.org/Bugs/server-control#affects
If you fail to reproduce this, please provide a build log and diff it with mine
so that we can identify if something relevant changed in the meantime.
--- End Message ---
